因應中共可能藉由藏有軍事影子的「灰色地帶衝突」在我周邊滋事，海巡署如今更被國安高層賦予「第二海軍」身分。現任海巡署長周美伍與海委會（海巡署上級）主委李仲威，兩人均為海軍中將退役；近日曝光的「2021四年期國防總檢討」（QDR）報告更指出，軍方將聯合海巡應對衝突、海軍和海巡平時就要建立作戰默契等。種種跡象顯示，今時今日的海巡，已逐漸與過去純粹的執法路線做出區隔。
盤點海巡新一代兵力整建，最具代表性的是海巡版的「國艦國造」，包括持續打造4000噸級、600噸級巡防艦、數十噸到數百噸的巡防艇等主力艦艇。其中，新造的大型巡防艦更首度以「鎮海火箭彈」為主砲，引起各界熱議。
