在離開台北返回大陸前，蔣介石與台灣各新聞媒體會晤，表達他對台灣各方面建設與發展留下深刻印象，並表示「希望各位與台灣全體同胞，共同努力，來建設三民主義的新台灣。」然而台灣此時的實際情況，可能比蔣介石本人想的還要糟；1946年間，台灣本省籍工人的失業率已達到80%，1947年1月間，台灣省的大宗商品物價指數已不忍卒睹，糧價上漲7倍，汽油燃料與建材上漲14倍，肥料上漲竟達250倍，台灣的資本財與糧食稻米常消失於大陸黑市，已是司空見慣。貪汙猖獗的情形，讓外交圈普遍傳聞，自1947年起，聯合國善後救濟總署分配給台灣的救濟物資，一經陳儀身旁官員之手，就憑空少掉一半。台灣回歸中國約1年左右光景，當地的中產階級已瀕臨破產。
1946年底至1947年初發生在海峽兩岸一連串突發狀況，深化了台灣島內恐懼與不安的氣氛，最終導致二二八事件。1947年1月6日，馬歇爾將軍因其調停國共內戰使命失敗而離開中國，打道回府，中國即將爆發大規模內戰的低氣壓，開始籠罩在台灣上空，令當地民眾擔憂惶恐，有關台灣已被國民政府暗中「出賣」給美國政府，以換取巨額借款供與軍援的離譜傳聞，以及台灣不久之後將被駐東京盟軍總司令麥克阿瑟將軍重新歸還日本的謠言，在島上到處流竄著。與中國大陸流通的法幣掛鈎的（舊﹚台幣嚴重貶值，而陳儀主持下的行政長官公署逐漸失去台灣經濟的掌控能力。2月14日，台北市民瘋狂搶購價格日漲且數量愈來愈稀少的米糧，導致暴動，米市隨之短暫關閉，全島籠罩在恐懼之中，大規模搶劫在台灣各地陸續發生。
1947年2月27日晚，台灣省專賣局6名查緝員查獲1名育有1子1女的40歲寡婦販賣私菸，查緝員欲沒收林婦全部的香菸及身上所有的錢財，寡婦表示生活困難，雙腳跪地苦苦哀求至少歸還其錢財，然而查緝員不予理會，並將她敲倒在地。附近憤怒民眾群起抗議，陪同查緝的警察朝民眾開了數槍，至少打死一人。此一事件激發群眾包圍台北市警察總局，要求逮捕開槍的警察。隔天早上，更多群眾前往行政長官公署和專賣局，要求立即懲罰肇事警察，補償死者家屬，放寬香菸專賣並公開道歉。當群眾逼近時，公署衛兵以機關槍掃射，殺死數人，查緝私菸衝突自此開始演變為反國民黨統治的大規模暴動，並迅速擴散至全島各地，台灣本省人和政府當局爭奪各地機關大樓、火車站、警察局等公共設施的控制權。而在台北城外，情勢遠更嚴峻，反國民黨的政治團體紛紛成立，包括共產黨分子所鼓動成立的「二七部隊」，這些政治力量一度奪取台中、嘉義、台南、高雄與台東等地的軍械庫，並與各地方政府當局發生武裝流血衝突，許多參與暴動者被逮捕後，遭到國民政府處決或軟禁。 （相關報導： 汪浩觀點：「中華民國在台灣」是個意外嗎？ ｜ 更多文章 ）
當陳儀將二二八流血衝突事件上報南京國民政府時，蔣介石手上已有許多令他煩心與棘手的問題，在中國內地與其他邊陲地帶在華北和東北，國共雙方已兵戎相向；類似台灣二二八事件此類地方層級的官民流血衝突事件，從遙遠的新疆、內蒙古、西藏到西南的四川省境，層出不窮。（譬如在新疆省會烏魯木齊迪化），自2月上旬起，數百名當地維吾爾人開始圍攻省政府，要求國府當局給予少數民族更多自治權，新疆省政府如同台灣行政長官公署，迅即以電報將此狀況通報南京，正等候蔣介石裁示。在內蒙古地區，親共的內蒙人士已準備成立一個體制外不受國民政府節制的自治區，即使是該地區親國民政府的內蒙人，也起而要求蔣介石賦予他們更高的政治自主地位。在拉薩，自1947年初期起，西藏政府內部親漢派與親英獨立派兩派人馬即相互仇視，甚至發生武裝內戰衝突，部分蔣介石幕僚力主趁此時機進兵西藏，一舉拿回對西藏的控制，一份已擬定好的軍事行動方案，正靜靜地躺在蔣介石辦公桌上，等候最後批示。
