根據疾管署統計，腸病毒疫情從去年4月中旬開始流行，直到今年1月中旬才脫離流行期。中國醫藥大學附設醫院副院長黃高彬表示，腸病毒疫情延續至冬天是很少見的情況，可能與免疫負債問題有關。更值得注意的問題是，腸病毒100多個型別中，最易造成重症與死亡的腸病毒71型，已連續多年少見蹤跡，不排除隨時都有可能出現大爆發。
黃高彬表示，台灣於1998年爆發首波腸病毒嚴重疫情，主要「殺手」就是腸病毒71型，當年造成405例重症、並奪走78名孩童性命。此後腸病毒71型疫情大約每3至4年都會出現一個流行週期，大多數病例都是6歲以下兒童。「即疫情週期與學齡前幼童世代有關，當沒有抗體的孩子累積到一定程度，腸病毒71型便會在社區引發大流行。」
黃高彬強調，原本預估2019至2020年會再度爆發腸病毒71型疫情，但受到新冠疫情影響，民眾謹守戴口罩、保持社交距離等防疫措施，改變了流行的趨勢；如今隨著人際互動增加，加上免疫負債問題，可以看到2024年腸病毒疫情已比2023年更加嚴重。
黃高彬進一步補充，台灣自2012年，尤其是2014年以後，就幾乎沒有看到腸病毒71型現蹤，很多兒童都沒有抗體，隨時都有可能一票全倒，家長不可不慎。
所幸我國目前已有兩家藥廠開發出腸病毒71型疫苗並上市，其中2023年以免疫橋接提前上市的安特羅腸病毒71型疫苗，最近公開了完整的三期人體試驗數據，其保護力（避免感染）高達99.21%，且可以100%有效降低因腸病毒71型感染引起的住院機率。
至於家長擔心的副作用問題，因為此疫苗抗原含量和佐劑含量較市面上其他疫苗產品來得低，副作用相對少，安全性高，連發燒比例都較低。
另一家高端的腸病毒71型疫苗，三期人體臨床試驗的數據也非常優異，保護力至少有96.8%。
不過，目前腸病毒71型疫苗並無法涵蓋保護別的型別的腸病毒，且至少須接種2劑，由於尚未納入公費疫苗接種範圍之內，又接種1劑市價約4000元，兩劑就要8000元，對多數家長來說都是一筆不小的負擔。 （相關報導： 女性吸菸率上升！國健署提醒傷害多：肺癌風險增、加速老化、損害生育能力 ｜ 更多文章 ）
疾管署副署長曾淑慧表示，腸病毒71型疫苗經衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）會議討論，現階段有接種需求者，可經醫師評估後自費接種。不過，疾管署已提請醫藥品查驗中心將腸病毒71型疫苗，納入2025年度新興醫療科技與衛生福利政策效益評估研究計畫項目之一，將針對該疫苗進行更完整的效益評估研究。
