教育部已經成為臺灣教育的亂源,這是許多教育界工作者共同的感慨。亂源之說源於2016年高等教育工會,認為教育部誤以私校為私產,對於私校董事會財務、人事上採取放任態度,造成私校治理的亂象。隨後學者周平抨擊教育部濫用KPI績效指標,全面監控大學中的教學、研究、服務和學習,扭曲教育的價值;法制學者林騰鷂則認為教育部違憲全面獎助私校,不要求「董事會確能寬籌經費」,違反私校興學的良意。不論如何,過去教育部在蔣偉寧學術倫理事件、高中課綱爭議、臺大校長管中閔案件、教師法修法,不斷引發的社會風暴不僅反映了部份教育官員的失職,也呈現教育治理的失能。