中央研究院（中研院）是直屬中華民國總統府的「學術研究最高機關」，其院長是與「五院」院長平行的特任官，副院長的職等為14級，相當於國立大學校長；而任職於其中的公務員，職等都比在大學任職者高兩級。至於中研院研究員的學術研究費，本就較大學教授為高；自從訂定了「特聘研究員」的研究獎助費制度後，更有許多人領取高薪。[1]
自從諾貝爾得主李遠哲1994年擔任院長之後，幾乎無人敢阻擋中研院預算、組織與人力的不斷擴增。[2]如依該院的正式組織編制，上自特任院長，下至委任一職等書記，不過二百人。但「目前包括政院人事費、業務費聘用的研究員、行政、技術人員、技工、工友、駕駛、駐衛警、職員等，已達一三九七人。」而預算則「由一九九四年的三十億元，擴增到二○一七年的一四一億元。」[3]也就是說，20餘年來擴增的人力將近7倍，預算將近5倍。足見國人近年對中研院的高度支持與殷切期望。
但中研院的實際表現如何？國際上關於學術研究機構（包括純研究機構及研究型大學）基礎科學研究成果的評比，眾所矚目的有英國Nature期刊（通常譯為《自然》）自2015年開始進行的「物學指數」（Nature Index）排名。[4]它係根據各機構在82種「物學」（基礎科學）領域重要期刊（natural-science journals）的「貢獻值」（之前稱為FC-“fractional count”，現改稱為“share”）逐年排序，可以看出各機構在物學領域貢獻的梗概。從2016年到2023年，中國大陸的中國科學院（CAS）、美國的哈佛大學（Harvard U.）、法國國家科學研究中心（CNRS）與德國的普朗克研究所群（Max Planck Society, MPG）這四個機構總排在前四名，相當穩定；而其中中國科學院一直獨占鰲頭。
中央研究院與國立台灣大學這兩機構近年來在物學研究方面的表現與趨勢，不難從表一看出來。在此特別選出幾個有代表性的機構一同表列，以供比較。如北京大學是大陸最著名的國立大學；蘇州大學是大陸最好的省屬大學；韓國的科學技術院與日本的理化學研究所是東亞地區與中研院性質較相近的研究機構；香港城市大學則是香港諸大學中與台灣大學可相匹敵的大學。
表一、據「物學指數」七研究機構在基礎科學領域的歷年貢獻值與排名比較表
由上表可以明顯看出：中研院、台灣大學與日本理化學研究所的排名節節退步；韓國科學技術院持平；而北京大學在緩緩上升，已進入前十名；蘇州大學與香港城市大學這兩個後起之秀則進步神速，令人刮目相看。
表二、據「物學指數」中研院在基礎科學各分領域的貢獻值及排名變化表。
這些客觀的數據，真讓關心台灣學術發展的人大大地失望了！若說是由於薪津水準與研究經費不足，導致中研院與台灣大學學術研究不如理想；那又怎說明，中研院研究人員的薪津高於台灣大學甚多，又無教學負擔，但其研究成果竟輸給台灣大學的事實？只能獲致一項結論，就是中研院在李遠哲及他大力推薦的翁啟惠、廖俊智兩位院長的領導下，在持續沉淪！
其實中研院內部早有異聲，並經媒體報導披露：一、金字塔組織。需服從上層，升等才有希望；二、院長大權在握。掌人事、經費，缺乏監督；三、氣氛保守如公務機關。有未婚聯誼社，無學術社團。 而中研院近年來的人事與院士選舉，重視政治傾向與私人關係而非學術成就，導致人才出走的例子所在多有。
中研院的生態與風氣，的確是被李遠哲帶壞了。有一位與在美國和兩岸三地都甚有淵源的學界前輩評述：李遠哲把中研院政治化了（指鼓勵參與政治）；翁啟惠把中研院商業化了（指鼓勵申請專利）；廖俊智把中研院娃娃化了（指學術資歷與聲望不夠，竟在領取院士證書的同年受命擔任院長。）誠可謂一針見血，直指問題的核心！
李遠哲先生，您在2000年3月5日說「台灣正走在往上提升或向下沉淪的抉擇點上。」不久宣布辭去中研院院長，組成「國政顧問團」；當月底，您又宣布回中研院繼續擔任院長。這一段歷史，大家都記憶猶新。
二十多年來，在您的帶領之下，中研院為取得大量經費而不免排擠了政府對國立大學的投資；拒絕與大學合併，堅持自辦「研究生學院」；設立「智財技轉處」；新建許多大樓，增設許多研究單位；……，但可惜您在營造學術風氣與改進制度方面的建樹並不多。面對客觀數據所顯示中研院的穩定向下沉淪，您作何感想？
[1] 「特聘研究員」區分為第零到第八級，由院長核定。第八級月入增加1萬多，逐級增加；第二級月入增加15萬；第一級月入增加19萬；第零級則有很大的彈性，月入可達50萬以上。
[2] 中研院目前的研究單位臚列如次：數理科學組有數學、物理、化學、地球科學、資訊科學、統計科學、原子與分子科學、天文及天文物理八個研究所及應用科學、環境變遷、資訊科技創新三個研究中心；生命科學組有植物暨微生物學、細胞與個體生物學、生物化學、分子生物、生物醫學科學五個研究所及農業生物科技、基因體、生物多樣性、生醫轉譯四個研究中心；人文社會科學組有歷史語言、民族學、近代史、經濟、歐美、中國文哲、台灣史、社會學、語言學、法律學、政治學十一個研究所及人文社會科學研究中心。
中研院來函：
Nature Index 未反映「機構規模」之不同
報導引用之Nature Index為部份國際期刊的出版統計，雖具參考價值，惟其計算論文之數量值（count）及貢獻率（share）並未依機構人數多寡標準化，使機構規模大小成為影響排名的關鍵因素。在Nature Index網站也清楚說明這項指標的侷限[1]。
學術的競爭力不僅是為發表論文，創造知識與具體貢獻更是本質。10年來，本院同仁有近74% 論文發表在頂尖Q1（前25%）期刊（如附圖），即可見本院對論文品質的重視。
圖：2013年至2022年本院與標竿機構發表於Q1期刊的比例。（資料來源：InCites，檢索時間2023年4月18日）
本院重視臺灣整體研究表現，與國內大學合作強化國際競爭力
機構排名或可參考，但我們更重視臺灣整體的學術表現及實際貢獻。本院致力國內學術合作、共同發表論文，分享國際排名計算分數，攜手提升臺灣學術水準及國際影響力。除了論文之外，本院持續強化與各大學多方合作，包含常年互相合聘人員、與大學合開「人文講座」至今已近10年、與多所大學合辦「國際研究生學程」及「國內博士班學程」近20年，共同培育數百位博士生；並以共享資源精神，提供高階儀器設施，服務國內學術界。
近年，由於各國大力投入科研發展，我國科研的國際排名下滑現象確應正視；各界應更重視臺灣整體研究能量的提升，並提出培育頂尖人才的具體行動。為此，本院積極呼籲調增全國博士生獎學金，及提升國內高教人員研究加給，已獲政府具體回應。盼能營造良善科研環境，強化國家整體競爭力。
追求卓越，取得激勵人心的重大學術突破
近年本院各領域的研究亮點，多有激勵人心的重大突破。例如，2019年取得人類史上第一張黑洞影像、2020年研發世界第一的AI物件偵測系統、2022年發現能改寫生物學教科書的第3種細胞分裂、完成首度大規模臺灣農村的社會文化調查等（摘列如附件1）。
回應關鍵需求，以全方位人文及科學研究貢獻社會
除了個別研究成果，本院聚焦關鍵議題，積極貢獻社會（摘列如附件2）。如疫情期間，提供疫苗試驗服務、研發快篩試劑；近年亦針對淨零科技、貨幣金融、農業提出政策建議書，多面向建構臺灣原住民知識體系，並持續推動南部院區與國家生技研究園區的發展等。
國內外殊榮肯定，2022年再創歷年新高
本院研究人員亦獲得多項國內外重要獎項肯定。近五年，陸續有本院同仁榮獲美國國家科學院外籍院士、美國國家發明家學院院士、英國皇家歷史學會會士、世界科學院院士、以色列總理獎、威爾許化學獎、歐洲分子生物學組織研究學者等國際殊榮。在國科會傑出研究獎中，本院2022年計有21名研究人員獲獎，超過全國4分之1，且為本院歷年新高，足見同仁的研究表現持續突破（摘列如附件3）。
本院經費與人事均遵循規範，並受監督
本院薪資及經費監督機制，與大專院校、政府機構並無二致。本院研究人員待遇與公立大專校院教師相當。本院年度預算均依政府規定編列，受總統府召集各部會之專家審議、立法院審查、審計部及國科會查核。此外，本院人力近十年來並無不斷擴增情事。編制人力均據實向行政院申請及獲核定，自2013年的1,515人，至今（2023）年為1,427人（含約200名行政人員）。研究人員升等考核方面，本院訂有嚴謹、明確且公開之法規及程序，案件均經由各所（中心）、院方逐級依法嚴格審議及表決[2]，絕非任何個人可以左右。
基礎研究需要長期深耕，質化或量化等不同面向的評析，皆是階段性的重要參考與提醒。本院於2019年提出「成就全球頂尖研究」、「善盡社會關鍵責任」、「延攬培育卓越人才」三項目標，是本院業務推動、資源配置、升等考核評估的準則。檢視近年來論文品質指標，以及本院同仁屢創卓越表現、積極對學術及社會提供的實質貢獻，不可不謂三大目標的逐漸落實，盼各界了解並共同支持全國高教水準的提升。
[1] A brief guide to the Nature Index | Nature Index "The size of the institution is a major factor, as is the composition of research specialities within the institution. The Nature Index does not attempt to normalize data for such factors. " 該報導以本院與臺灣大學比較，卻未考量雙方專任研究人員之教師差距約2.5倍，研究生差距約8倍。在自然及健康科學方面，研究人員人數實為決定論文數量產出的重要因素，本院在此方面確實仍需繼續加強。
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[2] 相關規定明訂於「中央研究院研究人員新聘、續聘、升等及特聘審議作業要點」（1996年訂定，2020年最後修正）及「中央研究院研究人員聘任及升等標準補充說明」（2019年通過）。
