教育部因部份大學之管理及教學缺失，對部份大學逕行所謂「教學品質」查核，其所依據為其部頒之行政令《專科以上學校維護學生受教權益應行注意事項》（以下稱「注意事項」）。此行政令不單單只是「注意事項」，它賦予教育部對享有憲法保障各項權利（講學自由、學術自由及大學自治等）之大學進行「教學品質」查核，查核內容包括大學之課程規劃、授課方式、抵免方式、教師與課程之專業資格、學生學習方式及場域等，並且依此法在其實際操作中還可派員去大學授課現場查堂。
對於不通過之學校，可進行減招及扣補助款等行政裁罰。這不只嚴重侵害大學自治及講學自由，更干擾大學教學及學生學習權益。以自行頒佈之「注意事項」之行政令，對大學進行查核，重傷大學辦學、教師授課、學生學習，如此自我擴權，是前所未見。目的前己有不少大學因為此自我授權之「注意事項」之檢核，而遭受停招等處分，不論原由為何，教育部在未授權之情況，指揮、督導、查核大學之教學相關事項，恐侵害憲法所保障之大學講學自由，己有違憲違法之嫌。
注意事項涉及減招、查核大學 恐違憲
一般有基本法律概念的都知道法律位階關係中，《憲法》（國民）大於法律（立法機關）大於命令（行政部門）。我們也知道在民主國家中《憲法》所訂之基本權利，不得任意干涉及侵害。部頒之「注意事項」，由其性質來看應為引導、參考、或是提醒，一般為該機關之內部行政作業流程之指引，如「行政院所屬各機關主管法案報院審查應注意事項」、「行政院與所屬中央及地方各機關（構）學校請頒獎章作業注意事項」等。但此「注意事項」不只跨出教育部，甚可查核大學，減招大學，運用多項無明確標準之空白授權將大學減招、扣補助款，把受憲法保障之大學弄的支離破碎，其「注意事項」法律位階層次己超出法律及憲法。
我們先看《憲法》層次怎麼談學術及講學自由：「除《憲法》明訂講學自由外，大法官在指標性釋字第380號解釋文很明白的指出學術自由是憲法保障之權利，其中大法官提到『按學術自由與教育之發展具有密切關係，就其發展之過程而言，免於國家權力干預之學術自由，首先表現於研究之自由與教學之自由，其保障範圍並應延伸至其他重要學術活動，舉凡與探討學問，發現真理有關者，諸如研究動機之形成，計畫之提出，研究人員之組成，預算之籌措分配，研究成果之發表，非但應受保障並得分享社會資源之供應。研究以外屬於教學與學習範疇之事項，諸如課程設計、科目訂定、講授內容、學力評定、考試規則、學生選擇科系與課程之自由，以及學生自治等亦在保障之列。』又稱『大學課程之自主，既與教學、學習自由相關，屬學術之重要事項，自為憲法上學術自由制度性保障之範圍。大學課程之訂定與安排，應由各大學依據大學自治與學術責任原則處理之。』」
而且對於教育部做為大學主管機關之角色界定的很清楚：「…大學應受國家監督之意旨，惟教育主管機關依法行使其行政監督權之際，應避免涉入前述受學術自由保障之事項。」 （相關報導： 謝青龍觀點：從「專案教師」亂象再談高教困境 ｜ 更多文章 ）
以上大法官意見，教育部視而不見，不只對大學講學沒有「應避免涉入前述受學術自由保障之事項」，而且還大張旗鼓的派員到大學對「教學品質」進行指導查核、甚而到大學教授上課的教室查堂、點名、檢核大學教授幾點到課，幾點下課及教學安排，無視大學享有《憲法》保障學術自由權利。而且釋字第380號解釋文所稱違憲法律為「大學法施行細則」之規定，施行細則還是大學法授權教育部訂定，大法官尚認為教育部所訂其中條文違憲，更何況屬應內規性質之「注意事項」。
