對於境內族群，蒙古陸續施行了一些管理措施，整合來看就是蒙元的族群統治政策。一般的說法認為蒙元朝廷將人民分成四種，即蒙古、色目、漢人、南人，其中蒙古人的地位最高，色目人次之，漢人再次，南人地位最低。由於人分四種而有等級，今日多以「四等人制」稱呼蒙元的族群政策。經過了長期的討論，學界對於這些說法有些補充與修正，在加入更多角度的觀察後，也對蒙元的統治策略提出了更多的解釋。
分族而治
討論「四等人制」的族群劃分方式與各族的待遇落差，最常被作為例證的現象是科舉的族群配額制。元代科舉將考生分成蒙古、色目、漢人、南人等四種，其中的分類可以證明元朝是有四大族群的劃分。考試時分「右榜」與「左榜」，蒙古、色目考生考難度低的「右榜」，漢人、南人考難度高的「左榜」，加上錄取率的厚此薄彼，這些措施可以證明元朝對於四大族群存在著差別待遇。
但在這些制度中，也能看到所謂「分族」與「歧視」的情形並不單純。在「歧視」的部分，對漢族士人而言，名額設定與分榜考試的做法自是不公，但如結合到區域配額制，這些做法也可以說是為了照顧弱勢族群。所謂的弱勢族群，在族群配額制中，便是指較難擁有豐富的漢人學問學習資源的蒙古、色目考生。在「分族」的部分，一般總說蒙元是以金、宋舊境為劃分標準，舊金地區之人屬於漢人，舊宋地區之人屬於南人，但在鄉試一關的族群配額中，多屬舊宋境地的四川行省卻只有「漢人」的名額，當地的考生在科舉制度中屬於「漢人」。科舉制度的設定提醒我們，元朝的族群分類標準比一般的說法更為複雜。
先談「分族」的問題。如果僅是想要概略地解釋蒙元時期「四大族群」的成分，或許可以說「蒙古人」約是生活在蒙古草原的人，蒙古以西之人則是「色目人」，以東以南之人是「漢人」，舊宋地區之人是「南人」。此時，色目人與漢人的界線就在金夏之間，所以舊夏地區的唐兀人（又作唐古人）是色目人，舊金地區之人是漢人。不過這個說法忽略了時間的變化，單從「南人」必須要等到元朝征服宋朝之後才會出現的情形，便可得知「四大族群」的設定會隨著時勢而調整，調整的原因又在於蒙元政權統治需求的改變。
由於是基於蒙元政權的統治需求而生，分族的辦法受到了政策的影響。北族政權的統治原有因俗管理的傳統，蒙元多有延續。在實務上，分族立法集體管理也是方便，政令宣達可以逐類通說，因此在蒙古政權逐漸納入多樣族群後，各種人群分類的措施便陸續出爐。對蒙古人而言，南方人們的樣貌與風俗看起來差不多，管理辦法便可集體設定，「漢人」的類型就在政策的討論中逐漸成形。在大蒙古國時期逐漸成形的「漢人」，便包含了生活環境、文化傳統看起來與真正的漢人差不多的女真人、契丹人，甚至是高麗人。
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「色目人」更是蒙古統治政策下的產物。被分類為「色目人」的人群，他們的體貌多樣，原居地相去數千里，使用文字有畏吾兒文、波斯文等各式的歐亞文字，原先也各有自己的國家、宗教、與文化傳統。但在漢地的管理中，這群人的數量有限，雖然在因俗而治的原則下，管理政策最好逐類設定，但是也有許多場合可以不用考慮他們的背景落差，集體規劃一套獨立於漢地百姓以外的管理規範即可。在集體管理時，他們就能被視為一種人，又因所含人群的多元，各式文書中他們就逐漸被稱為「色目人」。「色目」是「各色名目」的簡稱，「色」與「目」都是「種」、「類」的意思，「各色名目」就是「各種各類」的意思，而「色目人」便可以是「蒙古人」與「漢人」以外的所有族群的總稱。
由上可知，蒙古「四大族群」的分類乃是因應國家管理而設，雖然也會參考其中人群自身的血緣、語言、文化、歷史傳統等條件，但是這些條件未必是主要的考量原則。因為有著現實用途的考量與發展調整的過程，這些分類的內容就有經常變動、模糊不清的情形。早期蒙古在稱呼各種族群時，偶爾會用「色目人」通稱所有本族以外的族群，此時漢人也在「色目人」之中。四大族群的分類，大約要到元代中期才逐漸穩定。可是元朝一直沒有頒布全面解釋國內族群的分類及其定義的法令，現今最多只有看到適用於個別場合，及針對特定或部分族群的規範，這些規範既是數量繁多，也常相互牴觸，連元朝的官員都會感到困擾。
彙編元朝法規的《元典章》曾留下一件犯罪記錄。延祐四年（一三一七），濟寧路官府審理了一件竊盜案，其中的嫌犯張不花是女真人。當時的審理官員查到了大德八年（一三○四）有道命令，規定此類犯罪的懲處，「漢兒、高麗、蠻子」要刺字，色目人不用，可是命令中沒有提到女真人。審理官員不清楚女真人是不是色目人，為求慎重，就請上級說明。案件從行省上到中書省，中書省再下給刑部解釋。刑部查到了至元六年（一二六九）中書省有份投下達魯花赤的任用規定，其中指出女真人屬於漢人，刑部據此作出解釋，張不花該刺字。
從這個案例可以看到，就算是到元代中葉，官府還是很難掌握各族的分類。附帶一提，刑部的確認除了援引法條外，還解釋了如何辨識色目人，提到了因為女真人有姓氏，色目人沒有，所以女真人不是色目人。其實定居漢地後，很多色目人也為自家定了漢姓，像是畏吾兒人廉希憲便是用了其父布魯海牙曾經擔任過的「廉訪使」職銜首字作為漢姓，後人也都改姓「廉」。色目人自立漢姓的情形在元代頗為普遍，刑部的這道解釋看來是有疑慮的。只是下達後是否又會造成基層官員在辨識族群時的困擾，我們就不得而知了。
分等對待
元末明初的浙江士人葉子奇曾在《草木子》中評論元朝的統治策略，認為元朝總是「內北國而外中國」、「內北人而外南人」。這是一般漢人的想法，蒙元也確實有許多可被視為族群歧視的政策。不過具體而言，如同族群分類的做法，這些對待的態度與施行的規範也有些變動的歷程。
原先，族群並非大蒙古國分別人民待遇的主要標準，當時的經濟待遇多由戶計分別，政治待遇多以根腳定奪。不過，族群身分與戶計、根腳之間存在著密切關係，使得原是戶計與根腳所決定的待遇落差，也會造成族群差別待遇的效果。蒙古對於各種戶計的對待方法有所分別，軍戶與匠戶較受禮遇，對待民戶就較刻薄。雖然軍戶與匠戶中也有漢人，多數的漢人卻屬於民戶，於是苛待民戶也是苛待漢人。政治場合也是如此，蒙古優禮大根腳子弟，家世有限的子弟不易參政，難得高位，但因大根腳家族多是蒙古人，於是不同家世的對待之道又會被視為不同族群的分別待遇。
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大蒙古國的相關規定已有族群分等的效果，專門針對族群身分而訂的差別待遇規定還是少見，要到元代以後才會開始出現一些以族群身分為標準的管理措施。蒙元針對各種族群集體採取差別性待遇的規定，尤其是比較歧視漢人的做法，差不多是在李璮之亂之後才大量出現。
李璮的叛變使得忽必烈連帶懷疑漢人的忠誠，除了至元二年（一二六五）規定地方路級政府官員的分族任用之制外，亦有至元六年（一二六九）不准契丹、女真、漢人擔任投下達魯花赤，至元十九年（一二八二）、二十三年（一二八六）禁止漢民持有武器等規定。往後元朝不時會有這些做法。至大四年（一三一一），元朝規定了怯薛入仕最初所授的散官與職務之間的品位關係，散官品秩要比職務品秩為低，但降低多少就視族群身分而定，而「蒙古人降一等，色目人降二等，漢人降三等」。惠宗至元三年（一三三七）四月，又禁漢人、南人、高麗人不得持有武器，禁漢人與南人不得學蒙古、色目文字，並要求重要機構的長官只能由蒙古、色目人擔任。
可是也要強調，這些規定在現實上未必會徹底落實，如分族任用之制就常是如此。很多規定也是一時之制，像是惠宗的禁令就是伯顏政策下的產物，而在禁令頒布的四個月後，也就是八月時，元朝又允許高麗人可以持有武器，也開放邊區漢人需要「鎮遏生番」時可以持有武器。進而在有元一代，更多的時候不會有這些嚴苛的管控。只是這些規定三不五時地出現，也極具針對性，受限的一方總是漢族之人，這在觀感上就有很強烈的效果。
整體而言，蒙元並未特別在百姓生活的場合中全面實施族群分別待遇，各族可以混居，也能自由地交友與聯姻。元朝所實施的族群差別待遇主要出現在政治場合，尤其是官員的任用，愈重要的職務，蒙古人為主、色目人為輔、漢人參酌任用、南人相當少用的現象就愈是常見。這種做法有其道理，畢竟元朝的核心利益是在蒙古統治階層權益的長久維持，如果蒙古人無法掌控元朝，元朝也不會是元朝了。於是政治運作中最重要的官員授任，能讓蒙古人長期穩固地掌握國家權柄就會是關鍵所在，對於擁有在地資源且人數眾多的漢族之人，謹慎地控制他們力量的成長就會是施政的重點。
另一方面，蒙古官員的數量卻是有限，其能力亦難充分因應漢式體制所需，元朝的統治對象又以漢地與漢民為主，漢式官僚體系也需要大量的漢官協助執行，這使得現實上的官員任用還是要有更細膩的處理。首先，許多色目人官員擁有相當於漢官的行政能力，也因沒有在地關係而不必顧忌他們會與漢人聯合反抗蒙古的統治，於是色目官員就可以作為輔助蒙古執政的重要助手，他們可以得到不少相當於蒙古人的禮遇。再者，多有漢官已經世代效忠蒙元，家族成員也有貢獻，蒙古統治階層自是願意回報他們的努力，這使得現實中還是能有許多漢官可以進到政壇高層。最終，從大蒙古國以來，參用各族使之彼此制衡的做法已是統治習慣，族群交相任用與集體決策已是政治運作的重要原則，色目官員也需要漢族官員的輔助或監視。經由這些統治策略，漢族官員還是能夠擁有基本的政治空間。
由於並無全面性的法律，分類內容、對待方式也常因場合、時間而有變動，目前學界已多否定蒙元曾有法定且固定的「四等人制」。但在政治場合之處，很難否認元朝沒有族群差別待遇。只是現實中的影響因素還很多，家世條件就是關鍵，具體而言又有個人的際遇與才幹等問題。總之，在論說元代的個人地位高低與國家對待的優劣程度時，仍有許多層面需要考慮，如果只想提出一個含括性的說法，或許整體上蒙元的統治確實有著族群差別待遇的傾向，但如是個案討論，族群未必是決定身分的唯一或最重要的因素，官方與民間的場合皆然。
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