與中國大陸的海關總署相比，臺灣的總稅務司署與國民政府的總稅務司署其實是一脈相承的關係。雖然一九四九年李度指揮的總稅務司署混亂的撤退，但李度成功地付清外籍關員的退休金，並在臺灣保留骨幹關員和一套有效運行的海關系統。李度提出中國海關帳戶裡的每一分錢，用來支付外籍關員的退休金，儘管總稅務司署在臺灣重生，但實際也破產。雖然其帳戶被提領一空，但臺灣海關仍然保留有主要關員和一套基本海關檔案。這在很大程度上幫助華籍關員在臺灣重建海關。
相較於中國大陸接二連三的政治運動，臺灣相對處於和平狀態，臺灣政府可以對海關執行另一種規範，雖然不像人民政府般嚴厲，甚至有時候更加依賴總稅務司署的「外籍特性」。雖然外籍關員已經完全離開海關，但是傳統遠離政治的特性讓臺北總稅務司署被委以其他的職責。臺灣政府並沒有像人民政府一樣，派出黨籍幹部替換掉老關員的一把手位置，而是採取了一種更溫和的手段來制衡總稅務司署。這或許是因為美籍總稅務司李度被重新聘用為財政部顧問，又或許是臺北總稅務司署的主要任務仍然是徵收稅款，而不是提防帝國主義利用貿易手段侵略。只要總稅務司署和關員仍可以徵收關稅和促進國際貿易，其地位就會比大陸的海關總署更高。
在此過渡期，歷史問題再度浮現，臺北總稅務司署應該處於哪種機構的監督之下呢？臺灣政府的結構直到一九九○年代終止動員戡亂前都沒有改變，因此關務署和總稅務司署關於海關行政管理權的競爭仍然激烈。在一九八○年代，臺灣政府開始調整其政府組織，根據自身實際可以控制的地區進行調整。此時，關務署沒有繼續存在的必要，因此被改為關政司，是屬於財政部的顧問單位。臺北總稅務司署隨後被重新命名為關稅總局，而總稅務司被重新命名為總局長。這樣一來，從一九○六年就一直存在的官員海關行政管理權的競爭看來有了結論。好像總稅務司署贏了。但是於二○一三年關政司與關稅總局合併，更名為關務署，但是關務署長由關稅總局的關員出任，所以到底是關務署還是總稅務司署勝利？是饒富趣味的歷史問題。
（一）臺北總稅務司署的重建
臺北總稅務司署的情況可能比一九四二年初重慶總稅務司署的情況好一些。李度帶了十一位關員去臺灣，而且在一九四五─一九四九年間，稅務司張申福已著手重建淡水關和打狗關。臺灣政府的關務轄區變小，因此張申福的關員加上李度帶來的關員足以維持臺灣海關的基本功能。為了在臺灣關區重新建立貿易和財稅秩序，羅慶祥和方度必須更加靈活地調整臺灣海關政策，一方面要加強一九四八年的緝私條例來努力使海關適應臺灣的情況；另一方面通過修訂一九四九年底與不同國家的關稅政策，展現臺灣政府對國際貿易的靈活性，羅慶祥和方度通令各關： （相關報導： 劉大年觀點：臺美也需要全面性的自由貿易協定 ｜ 更多文章 ）
行政院的命令是，考慮到國家的經濟利益，如果有必要，即使與一國的外交關係被切斷，中國還是要與之維持商業關係，哪怕這些國家已經承認了共產黨的政權。但是，這一政策不適用於共產國際的國家和他們的衛星國。
這些改革確實幫助臺灣渡過撤退初期的五年困難時期，但真正大刀闊斧的改革是在一九五五年，把一九四九年前制訂的《貿易規定》廢除，這代表臺灣政府重新開門與國際市場接軌。撤臺以前，《貿易規定》實際上斬斷了所有進出口貿易公司賺取合理利潤的機會。在撤臺的最初五年裡，進出口貿易還在嚴格的管控之下，但臺灣政府決定鼓勵出口以賺取更多外匯。行政院頒佈了《外銷品退還稅捐辦法》，並委託臺北總稅務司署來執行此項政策。雖然這項政策促進了出口賺取了外匯，但這個政策也降低了稅收收入，同時還給臺北總稅務司署又新增一項額外的任務，而這成為沉重的負擔，因為有太多的出口品項需要管理。王文舉對此有極為精闢的分析：
