2013年10月內政部公告「全國區域計畫」，做為國土合理利用的指導原則，但隨後環保團體抗議訂定過程沒有公民參與，也出現多處不利於國土保育的內容。內政部接受環團建議舉行公聽會及公開分組討論，經過三年最近終於完成修定，將送行政院核定後公告實施。這是一個公民參與政策修訂的成功案例。
最早內政部擬定「國土計畫法」做為國土利用的指導原則，但因「國土計畫法」遲遲沒通過，就先訂定「區域計畫」暫代。從1982年起實施的「區域計畫」原有北、中、南、東四個計畫。2009年莫拉克風災後做了第一次變更(變更1通)，加嚴森林區、河川區、農業區的土地使用管制。
2013年10月17日行政院核定第二次變更，將原本北、中、南、東四個區域計畫整併為兩級：全國區域計畫、直轄市及縣(市)區域計畫。而原本區內的「限制發展區」、「條件發展區」，合併改為「環境敏感區」，並分為一級環境敏感區、二級環境敏感區。一級環境敏感區除了保育外避免任何開發行為。
就在全國區域計畫修訂中，去年12月立法院三讀通過「國土計畫法」，內政部也在今年5月1日施行。有了國土計畫法，全國區域計畫就可退場，但因國土計畫法要等到六年後、也就是2022年5月才會有全國及縣市的國土計畫、以及國土功能分區，這六年的空窗期，國土利用還是要以「全國區域計畫」為主，這就是全國區域計畫必須繼續檢討修訂直到國土計畫法能接軌為止。
家用水庫的有條件開發條款全部刪除
這次全國區域計畫修訂的多個項目中，以「第一級環境敏感區」最受矚目，也是環保團體、行政機關意見交鋒最多的一項，因為這直接影響區內土地開發利用。修訂版全國區域計畫增加了多個一級環境敏感區，例如活動斷層兩側一定範圍、優良農地、國際級重要濕地，這都是對環境更友善的做法。
另外一項重大修訂是「家用水庫集水區」。2009年八八風災後水庫集水遭嚴重破壞，之後修訂的「變更1通」將水庫集水區全數列入「限制發展區」禁止開發。
但水庫集水區不分級、全數不得開發引起反彈，2013年公告的「全國區域計畫」就放寬將水庫集水區分兩級，「家用水庫」屬第一級敏感區，禁止開發。「非家用水庫」屬第二級敏感區，可適當開發。雖然這種分法存在政治可操作性，但還算兼顧合理開發、可接受的範圍內。
但另一個開放方式就讓人很不安，那就是又把原本禁止開發的家用水庫分為兩種管制方式：一、與水資源保育有直接相關的，應避免開發。二、與水資源保育沒有直接相關的，只要業者承諾四個義務，就可以開發。
這四個義務包括：區內採雨、廢汙水分流方式排放。事業廢棄物運至集水區外儲存及處理。開發過程應實施生態檢核作業。建立水質自主檢測計畫。問題是，這四個條件都是「事先承諾、事後檢驗」，想開發的業者一定會事先承諾，但審查時卻無法預料往後的事，因此只要業者承諾，審查就一定會過，事後能不能做到再說。因此雖然是有條件通過，實質上卻是無條件放行。 （相關報導： 朱淑娟專欄：給大林蒲居住正義 遷村不如改善污染 ｜ 更多文章 ）
這種分類法是經濟部水利署向內政部建議的，水利署認為有些平地水庫或攔河堰的水庫集水區地勢平坦，一律禁止開發不合理，應適當分級管理、有條件放行。
