疫情指揮中心開設已超過一千天,日前也舉行慶祝活動,陳時中在擔任908天指揮官後,被民進黨提名參選台北市長,而與蔣萬安、黃珊珊候選人進行交互駁火的三腳督選戰模式。然而指揮中心卻近日爭議不斷,包括高端採購爭議以及被在野黨批評為陳時中第二競選總部等。近日因衛福部長薛瑞元、疫情指揮官王必勝、發言人莊人祥夜訪陳時中競選總部,由於碰巧遇到在野黨質疑高端疫苗爭議又逢陳時中參選台北市長競選期間,雖是下班時間,尚無違反《公務人員行政中立法》規定,然仍被質疑社會觀感不佳與違反行政中立精神,使指揮中心一直被批評為陳時中第二競選總部話題持續延燒。