褪黑激素是由位於大腦深處的一個小小內分泌腺體,稍微帶點紅的灰白色豆狀小體─松果體(Pinealgland)所分泌。人類的松果體非常細小,長度5~8毫米,寬度3~5毫米,重量120~200毫克,並且隨著年齡的增加而萎縮。有趣的是,女性的松果體比男性稍微大一點,或許這就是女性的平均壽命比男性長的原因。松果體的活動具有明顯的週期性,它所分泌的褪黑激素會隨著陽光照射減少,一旦遇到黑暗則會增加,對晝夜節律的功能產生影響。除此之外,松果體還會表現出月、季、年的週期變化,更具有調節內分泌系統與免疫系統的功能。