民進黨在2016年1月16日大選贏得執政權和國會多數。馬英九總統隨即釋出組閣權,邀民進黨以國會多數黨之姿組織內閣,卻遭總統當選人蔡英文回絕,認為有此舉有憲政爭議,拒絕提前組閣。綠營認為,若目前立即由國會多數黨組閣,閣揆及閣員將赴總統府向馬英九總統宣誓。然而未來政務官是要聽馬總統或新閣揆指揮,勢將形成「雙頭馬車」,甚至權責不清之局。且當前政府決策權意志仍在總統身上,一旦新閣揆與馬總統意見相左,那該如何處理。況且兩岸、國防、外交等國安議題向由總統直接指揮,兩岸相關政策已涉國安事宜,因此新閣揆勢必無法在兩岸議題上置喙,亦無法指揮陸委會。此時民進黨貿然組閣,將更添政局混亂。