1955年(民國44年)「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字,政府決定設立原子科學研究機構,研究發展原子科學,乃電召梅貽琦校長(1889~1962,字月涵)由美返國籌議。同年12月,行政院組設清華大學研究院籌備委員會,決定將校址設於新竹赤土崎(今新竹市東區一帶),先設原子科學研究所,招收研究生。翌年(1956年/民國45年)1月,在臺北成立籌備處,敦請陳可忠先生為主任,籌備處館舍後來座落於臺北市金華街,即是今日的「清華臺北辦事處」,又稱「月涵堂」,以紀念梅校長。清華在臺復校工作自此開始,名為復校,實為建校,因為除了梅校長外,並無任何一物來自北平(今北京),擇地、建屋、購置圖書儀器、裝配實驗室,一切都從頭做起,備極艱辛。清華在新竹的校地,是中國石油公司所撥讓的赤土崎(今新竹市東區中部)土地約42甲,連同新竹縣政府贈送土地約34甲,又陸續收購民地,總校址面積達86甲多。之後著手興建校舍,建築先後依次為行政大樓、東院教授宿舍、物理館、新南院教授宿舍、單身教授宿舍、反應器實驗館、核工館、科學儀器館。建設校舍之同時,亦著手準備招生授課。1956年(民國45年)9月,招考原子科學研究所首屆研究生,修業二年,畢業授理學碩士學位。自此清華正式在新竹建校,由梅貽琦擔任校長。」