從初期的「入、出分管」和「軍、民分管」,1952年統合為「臺灣省保安司令部軍民入出境聯合審查處」,1957年3月改為「臺灣省保安司令部入出境管理處」。1958年「臺灣省保安司令部」、「臺灣省民防司令部」、「臺灣防衛總司令部」、「臺北衛戍總司令部」等四單位,合併為「臺灣警備總司令部」,入出境管理處歸隸其下,此時的入出境制度,具有濃厚的「軍警共管」和「軍情合一」的性質。1972年內政部警政署成立「入出境管理局」,業務由警總轉移至「內政部入出境管理局」辦理,為「內政部警政署入出境管理局」。表面上將入出國管理歸入一般行政,但軍情單位仍透過權責與人事的設計,依舊將入出境管制權力牢牢緊握。