今年初才兼任海基會第一副董事長的陸委會特任副主委張顯耀無預警以「家庭因素」請辭，令外界懷疑是否與6月底王張會險因重大抗議事件走調有關。陸委會鄭重澄清，這種說法「想太多」，張顯耀是因為高齡母親近來健康欠佳，難以兼顧工作，才在日前當面向陸委會主委王郁琦請辭。
張顯耀在政院發布請辭消息後一直未接外界電話，去職相關傳聞一律由陸委會副主委吳美紅代為說明。吳美紅表示，行政院所指「家庭因素」，其實是因為張顯耀高齡的母親近來健康欠佳，張顯耀必須全心照顧；事實上，張顯耀也曾因此在7月請了一次長假，回家照顧母親。
吳美紅說，考慮陸委會與海基會工作繁重，加上近來兩岸進展快速、事務繁多，兼顧照顧母親壓力很大，張顯耀遂在日前決定向王郁琦請辭；王郁琦一再慰留不成，只好勉予准辭。
由於張顯耀係以陸委會副主委身分兼任海基會副董事長，因此海基會職位勢必連帶變動。吳美紅表示，現階段先完成陸委會的行政流程，海基會的接任人選再由陸委會提出後呈報行政院，由海基會董監事會完成確認程序。
儘管官方一再強調張顯耀請辭是單純家庭因素，然而張顯耀自去年起被委以兩岸王張會規劃的重任後，一直對此事十分投入，看不出壓力過大的跡象。事實上，儘管6月二次王張會爆發機場破門、肢體衝突及潑漆等重大陳抗事件，引發中國國台辦不滿，最終更因為迴避抗爭而縮短行程，但張顯耀私下也利用機會向媒體透露，當天陪中國國台辦主任張志軍渡過離台前的幾個小時，兩人相談甚歡，確保中方並未因此不滿。
而事後媒體質疑國安會及國安局在王張會維安規劃中是否負責督導協調之責時，張顯耀也藉由不同場合、不厭其煩地向媒體說明國安系統與地方警力的分工，以及陸委會居間協調應變的過程。當時張顯耀一再強調，高層絕不會因此向任何單位究責，頗有與國安高層為「生命共同體」的意味，不料卻在王張會後1個半月內便告請辭。
林祖嘉學者出身 3月言論失當惹議
而接替的林祖嘉出身國民黨智庫，以學者背景進入陸委會後，一直負責涉外工作，卻在今年3月對各國駐台使節說明APEC立場時，發表「中國可將APEC馬習會視為國內事務」言論而引發爭議。
在張顯耀去職之後，陸委會接下來將面對《兩岸協議監督條例》審議、APEC相關規劃以及下一次王張會的安排，這些工作都將改由林祖嘉負責。林祖嘉的學界背景及對外工作歷練，能否擔任重任，待立法院開議後即見分曉。
