1947年國府正為著逐漸擴大的國共內戰，傷透腦筋，台灣卻爆發二二八事件，對台灣局勢影響幾十年，甚至更久。美國中央情報局解密檔案當中，有一份1946年12月關於台灣局勢的情報分析檔案，這正是二二八事件的前一年，其中舉出台灣行政長官陳儀施政不當，引發民怨外，更舉出戰後日人滯台，秘密成立地下組織，加上共黨勢力滲透台灣，讓台灣情勢複雜化，中情局檔案當中更預測台人一有機會就會公開反叛陳儀，果不其然，兩個月後就在偶發的事件，爆發了二二八事件。
這份有關二二八事件台灣情勢的情報檔案，是由中情局的前身Central Intelligence Group所製作完成，列為機密等級（Confidential），在1946年12月10日分發給相關人士參考，內容以1946年9月到10月的情報研析為主。內容開頭以台灣陳儀當局不受台人歡迎，以及滯台日人在台秘密組織、台灣共黨勢力發展為主要內容，其中有關滯台日人更用了一頁半內容說明日人對台灣安定造成的潛在問題，不下於陳儀當局施政不佳，尤其陳儀當局完全無視滯台日人造成的不良影響，只顧搶奪日本人留下來的財產。至於共黨滲透台灣部分，只有不到半頁，12行的文字敘述。
CIG成立於1946年1月，實際運作一段時候後，隔年1947年9月改制為中情局。CIG主導美國海外情報任務期間，有陸軍、海軍與國務院人員協助收集情報。主要的工作是為了提供美國戰略預警情報與統合海外秘密行動，為了提高情報蒐集與行動的效率，才會在成立一年後，改制為中央情報局。
中情局解密檔案當中，這份1946年12月由CIG製作的有關台灣局勢的情報分析檔案，相當精確地，掌握了台人當時的不滿情緒，預測到台人即將對陳儀當局發動大規模反叛行動。對於陳儀在台的執政爭議，早有許多文字見諸坊間，許多人也以陳儀的施政不當作為二二八事件的唯一成因，忽略了其他的外部因素。美國情報單位注意到了滯台日人與共黨滲透，都與台灣的動亂有關連。
根據這份檔案當中顯示，1945年8月日本投降後，當時台灣省政府公布，在1946年4月之際，仍有45萬4826日本人在台灣，其中包括16萬5538位日軍戰俘，28萬9188位日本平民。在台日人當中，有2萬7000人被列為技術人員。這份報告認為，2萬7000人都是在台灣的官方機構、公共設施、重要的工業設施，甚至是媒體，占有重要的地位。許多台灣人認為，這些日本人所占有的位子，應該讓符合資格的台灣人或者大陸人士接替。
這份情報檔案當中特別提到滯台日人成立了許多積極活動的地下組織，某些人因為他們的積極活動被逮捕，但是大部分日人隱藏在台的組織都沒有被查獲。許多日本人在遣返日本前，都會舉行大型聚會，他們會發表演說，充滿信心地告訴他們的台灣朋友與員工，他們會在兩到三年之內，甚至十年之後，從中國人手中奪回這一切，回到台灣，這種情況在台灣幾乎是人盡皆知的事情。
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CIG的報告認為，更嚴重的情況是，原先駐紮在台灣的日軍部隊，藏匿了他們的軍事武器、彈藥與軍事裝備，因為台灣是日軍南進的重要基地，曾經在台灣儲存大量的軍事物資，當日軍在1945年8月突然投降前，這些物資幾乎仍是原封不動儲放著。當國府接收台灣時，只發現了少量的軍事裝備，儘管大眾希望知道究竟怎麼回事情，台灣當局在這方面從未公布過任何訊息，事實上，國府的接收官員因為把心思都花在奪取公共財產與利潤豐厚的企業，沒有注意到日本人在台的叛亂行動。
CIG的報告分析陳儀是國府的親日將領，擔任福建省府主席時，曾配合台灣的日本殖民政府，鎮壓逃到福建地區的反日台籍人士。從這一點看來，陳儀不在乎日人在台的祕密活動，也就不令人感到意外了。
在美國國務院公開檔案當中，1946年6月27日有一份有關從中國遣返日人的報告。對於遣返政策，美國主張所有在華日人都應該盡快遣返日本。美國應當敦促中國當局，留下的日本人必須是基於專業與技術能力的原因，同時這些人過去的紀錄，也必須能夠顯示出對於中國的安全與安全，不會產生任何的威脅，也不會成為讓日本重新開始對中國建立影響力的有利機會，日本軍人的遣返要優先於日本平民。
國務院雖然早已提出警示，顯然台灣在遣返日人的工作方面，因為交通工具的缺乏，以及日人遺留的大量設施，仍需要許多日本技術人員操作，使得遣返工作的很有限，這批為數不少的滯台日人，自然又讓台人原本就醞釀中的反陳儀當局的情緒，產生了火上加油的煽動作用。
美國情報顯示，日軍在台藏匿他們的彈藥與武器，在台灣是公開的秘密，雖然某些被發現，但是台灣當局沒有花很大心思對這件事情進行完整調查。台灣山區有原住民部落居住，根據1930年的人口調查，大約有14萬人，這些原住民被教導日本習俗，在日本殖民政府設立的學校接受教育，日本人對原住民的教化非常成功，他們在各方面都與日本人一樣，某些原住民也與日本人通婚。日本投降後，日本在台灣的殖民政府迅速地將重要的軍事裝備，運到山區原住民部落隱藏，以及其他預定的藏匿地點。一小部分的日本軍事專家隱藏在部落當中，偽裝為原住民，在日軍遣返日本後，他們仍然祕密活動著。日本人躲藏在台灣的山區附近，台灣當局沒有阻止他們的行動，也沒有調查這些事情。日軍能夠成群結隊地在鄉間活動，穿著日本軍服與配戴武器，估計有2000人到5000人。
抗戰結束後，國府對於台灣回歸祖國懷抱，對於台人轉換為中國人身分採取寬鬆的政策。美國情報單位發現，在歸化政策方面有漏洞，因為在日據時代許多台灣人都改成日本姓氏，當日本投降後，他們可以改回中國姓氏，陳儀當局公布了一些幫助台灣人改回中國姓氏的措施，台灣有日本姓氏的人，可以很容易地改成中國姓氏，台灣當局只要求店家出具保證，但這些店家的擁有者很多就是當事人，因此許多日本人很輕易地擁有了中國人的身分，而不用被遣返。
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美國駐台北領事館在二二八事變發生後，回報給國務院的事件成因研析報告，對於共黨勢力在台影響，是認為不太顯著，二二八事件與共黨煽動關係不大。在1946年12月的這份情報研析，提到1946年當時台灣在共黨滲透方面的問題。這份報告認為，近幾個月以來，共黨滲透都在逐漸增加當中。共黨在台活動主要在鄉間進行宣傳，不過，中國大陸沿海島嶼藏有許多曾與日軍合作的偽軍部隊以及海盜勢力等，不論是共黨或著日本在台地下組織，都希望與這些武裝力量聯繫，共黨想要找這些人買武器彈藥，利用舢舨，藉著夜色掩護，走私進台灣，這顯示共黨組織在台略具規模，可以取得有限度的武器裝備。
這份報告當中提到，反對陳儀當局的人，在台灣島內運作，並與大陸的政治勢力合作，要推翻現在的台灣當局。報告稱，如果台灣人一有機會就公開反叛陳儀當局，完全不會令人感到意外。台灣不安定的情勢，也提供了共黨與滯台日人等地下活動，很好的掩護，讓他們有機會在台灣站穩腳跟，製造麻煩。1946年當時許多台灣人都主張，就算無法進行武裝叛亂，他們也會進行群眾示威，要求台灣交給聯合國託管十到二十年，然後台灣獨立。
美國的情報檔案分析陳儀當局在台作為，幾乎沒有受到國府的管制，始終保持相當自主的獨立地位。這一點，其實與抗戰結束後，美國介入調停國共內戰情勢也有間接關係，國共內戰在1946年受美國強行介入影響，國府談談打打，美方最後對國府提出禁運武器的政策，強迫國府接受美國調停，1947年國共雙方全面打後，國府部隊士氣早受政治影響，彈藥補給也因美國禁運出現隱憂，當國府忙於應付大陸複雜的政治、軍事情況之際，無法兼顧台灣敏感情勢的變化，也就不會令人感到意外。尤其內戰全面爆發的陰影之下，台灣發生二二八事件當時，國府面臨大戰當前，專心面對共軍威脅，無暇分心他顧，對於海角一隅的衝突，事前既難防範，事後難免輕忽處理，終致釀成悲劇，對台灣往後幾十年的歷史發展造成深遠影響。
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