余正煌自訴林智堅碩士論文違反著作權案2023/1/11首度開庭，距他在2022/9/29到台北地院提告林違反《著作權法》，已經104天。余以自訴的方式，可以避開檢察官，不受偵查不公開的限制，得以閱卷，知道林智堅怎麼答辯，等於是在法庭直球對決。
不過，就在開庭前一天2023/1/10余在臉書發文指「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來」，引人聯想。相對地，國安局長陳明通在2023/1/10晚間在立法院朝野黨團協商總預算案時，為林智堅喊冤說論文案絕對是「冤案」。（陳面對國民黨的提案表示，「報告院長，我還是要說明，林智堅的案子確定是冤案，明天法院要開議，所有證據（國民黨立法院黨團總召）曾銘宗、（國民黨立委）溫玉霞都看過，這就是一個冤案，在此說明，通過這樣的提案沒辦法接受。」）
2023/1/11開庭小智稱沒有動機抄襲，所以沒有認罪問題。林的辯護律師胡中瑋表示，「我們不認為台大學倫會的審定的報告，有證據能力，理由是學術倫理，對於抄襲的標準跟侵害著作權的標準並不一致，思想概念之抄襲違反學術倫理，但是不侵害著作權」；余的委任律師則以論文比對，有33處完全相同文字，主張林智堅抄襲事實明顯。
開庭時法官首先問他是否認罪？林答：「我的論文是以我2014年選舉做的內部民調、在老師陳明通指導下完成，我沒有動機、也沒有必要抄襲，當然沒有認罪的問題。」法官接著問怎麼寫論文？林智堅答：「meeting都在台北、在學校內陳明通的辦公室…撰寫在台北、新竹…在台北時都在學校寫，在新竹時不一定。」之後林智堅未再發言，全由律師代言。（小智對於法官所問如何寫論文，顯然答非所問，是有意要避開最核心的問題嗎？）
可見到的是：余是有備而來；小智的辯護則是我無罪，我沒有抄襲；陳明通則是為小智喊冤。本案還在司法訴訟的過程，我們自當從旁觀察，無需夾敘夾議。然而，此案從爆發開來迄今，通堅師生一再聲明小智的版本才是「原創者」，陳明通幫小智喊冤之後2023/1/12還特別發表聲明：余生2016/3/8寄給他的研究計畫以及最後的論文，在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。讓人感覺到就是「一口咬定」余生的論文就是抄襲小智的內容。是小智冤？還是冤枉余生？
冤案疑點一：2022/7/5陳明通聲明：「…余正煌因為一開始寫的碩論計畫不理想，想換題目，他找上我的研究助理楊喜慧，我徵得林智堅的同意，把林智堅的民調資料給余正煌用，並建議他換題目寫林智堅，同時把林智堅當時初步寫的東西（前面幾章，尤其是研究設計）給余正煌參考，同時以口試委員的身分給余正煌一些寫作建議。」請注意：
１，余生因為論文計畫不理想，所以想要換題目；身為口試委員與國發所所長的陳明通「好心」給他建議，還幫他去徵詢小智讓小智將民調資料給余生用，並建議他換題目寫林智堅。
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２，余生有了這些民調資料，再加上阿通師提供了小智初步寫好了的計畫給余生參考。
以阿通師的說法余生的論文是因為在2015年12月計畫書口試時不順利，可能無法在最後一個學期內寫完，建議他改題目，借重林智堅在2014年當選新竹市長期間所做的民調資料（陳老師自己也用了這些民調資料完成一篇論文），讓余生以林智堅做為論文題目焦點。這個時間是2016年1月時。
至於余生這方面，他的律師表示，余並未看過林智堅的論文，也不知道他寫的內容。（小智的計畫書是在2016年5月通過，余生自然看不到小智完整的論文計畫書）至於阿通師表示拿了小智所寫的計畫書給余生參考，計畫書前幾章，尤其是研究設計來給余生參考。兩對照是有出入的。因為余生在2016/1/28寫好了一份初步的論文計畫書資料，而這份資料沒有引註，（余生保留了註解）給了阿通師。2016/2/1阿通師將一份計畫書傳給小智，還請他「有所發揮」（文中還提起上星期六所傳的資料不需要用；而「上星期六」正是2016/1/28。）阿通師和小智兩人一直堅持2016/2/1這份資料內容，是他們提供給余生的「原創內容」，余生就是依據這份資料而在2016/3/8時寄出他寫好的論文計畫書給阿通師。試問：在論文寫作中過程中，余生僅用短短的一個月多一點時間就完成一篇論文計畫書？還是在2015年12月口試後商得指導教授與口委同意後改題目，在2016/1/28完成初步計畫書修改之後，再傳給口委，然後在2016/3/8完成最後論文計畫書，這樣的過程比較合理呢？
冤案疑點二：至於2016/1/28這份資料的內容，顯然阿通師看過，這裡是否就是通堅師生所堅持的2016/2/1「原創內容」，阿通師應是最清楚的一位（應是阿通師有所修改後給小智）。妙的是日後小智的碩士論文竟然有高達33處是與余生完全相似，連錯字都相同。兩本論文最大的差異就是余生的引註詳細且可以找到出處；小智的論文中相關論述的引註卻是沒有；阿通師的聲明則表示：「在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。」請注意：
１，阿通師的聲明一再調整，像2022/7/22已改成了「讓余正煌使用林的資料，以林智堅作為研究對象」，和2022/7/5所言，「把林智堅的民調資料給余正煌用，並建議他換題目寫林智堅，同時把林智堅當時初步寫的東西（前面幾章，尤其是研究設計）給余正煌參考」已有很大出入。到了2023/1/12的聲明則變為「在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容，只是余生增加一點文獻檢討並引註。」
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２，阿通師一再強調2016/2/1的小智所寫的版本就是最原始創作，也是他傳給余生的重要參考，余生就是因著這一個版本而寫完論文。可是阿通伯對於交給余生的資料說明，第一次說法讓余生使用小智的民調資料，並拿小智做為論文研究的對象。可是第二次說法時，就表示小智不但寫了論文前面幾章，可以讓阿通師轉給余正煌參考。但是最新的一個說法，阿通師強調余生的「研究設計」都是來自小智2016/2/1的版本，只是余生增加了一點文獻並引註。
阿通伯說法一變再變，主因就是出在余生在2016/1/28給阿通師的版本並未有引註，等到余生在台大學倫會交代自己寫作論文的歷程時，委員要求他從圖書館調出來的余生論文中所列出的各種參考書與期刊，找出自己寫的論文內文獻與引註出處。余生皆能一一指出，顯示余生的確是論文的寫作者。余生在2016/1/28的版本上並未加上引註，顯然是個人寫作習慣與對於論文供別人參考時有保留，特別是在還未完稿之前可能還一些增刪，因此並未列上。
相對地，小智的論文在與余生相同的33處中，均未有引註，而且余生錯字的部分同樣出現在小智的論文內。（若是小智願到台大學倫會說明，同樣會碰到委員也會讓小智找出引註之出處，論文是否為小智原創馬上就可以知曉）由於余生的律師拿出這個證據，所以阿通師馬上改口（2023/1/12）說「余生只是增加一點文獻檢討並引註」，把重點放在「（余生）在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容」。
阿通師企圖讓法官與社會認為余生的「研究設計」還是源自他和小智整理出來的（這個設計是2016/1/30他和小智MEETING時討論出來，2016/2/1修改後傳給小智），余生是根據這個版本來發展的。阿通師將論文範圍給縮小一點了。只是阿通師忘了他的說法，已打臉自己和小智。論文寫作除了在計畫書時會提及到研究設計，到了真正碩士論文時，這個設計已經付諸實踐而產生結果，並依著結果而進行分析與論述，余生的論文就是因著小智所提供民調的結果進行相關統計與分析，在結論部分，小智也有和余生結論相同之處。那麼最關鍵的檢驗就是余生在統計方法（研究方法）上在論文內的操作。
去年九月，余正煌委任律師吳俊達（右起）、張祐齊、曾威凱至台北地院對林智堅侵害著作權案提起刑事自訴。（資料照，柯承惠攝）
台大學倫會委員請來統計專長的教授來幫忙檢視，發現余生論文內有一處操作錯誤。請余生當場操作，發現余生還是犯了同樣的錯誤。這一點紮紮實實地證明余生的論文真的是他原創的；同樣地若是小智到台大學倫會說明時，委員也會請他同樣操作一遍，若是真的是小智原創，相信馬上就可以檢證出來。阿通師自己是授課業師也是指導教授（小智的指導教授，余生的口試委員），自己也寫過相類似的論文。怎麼會把「研究設計」和「研究方法」與「研究結果」混在一起來說余生就是「在研究設計方面絕大部分皆來自前新竹市長小智當年2/1論文計畫的內容」，推論出余生就是「抄襲」小智呢？（別忘了阿通師曾表示：「林余兩個人的論文基於同一組問卷所蒐集的資料，在『操作性定義』當然會完全一樣，這不是抄襲，因為不完全一樣才是問題。」）
反過來說，小智的碩論有太多處都和余生碩論高度相似，但是卻有多處沒有引註，這樣的論文寫作可以說是有違論文寫作規範，而且已嚴重觸犯了「著作權法」了，身為小智的指導教授竟然沒有指正他，並要求他修改，阿通師明顯有失「指導教授」的職責。要不然就是可以合理地懷疑，是小智的論文抄襲了不但先完成而且論述與研究結果完整與原創余生的論文了！
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冤案疑點三：小智表示自己是在2014年選舉時就開始發想寫這場大選，他的6份問卷調查資料成為論文最重要的參考資料。他在和陳明通老師談此事時，陳老師表示觀察到「柯文哲現象」外溢效應在林智堅身上，所以小智就把這6份數據資料供陳老師寫成論文投稿期刊。後來，小智自己也認為可以研究、本身也是當事人，所以他不能寫自己，2015年下半年也決定使用自己市長選舉內部民調，這很合理。由此可證林智堅是在2015年下半年確定論文寫作的方向。（小智一再強調自己是原創者，表示2014年就有此想法，而余是聽了陳明通的話2016年1月以後才發想論文題目）請注意：
１，小智在 2015 年 12 月左右起草第一版的研究大綱，形成了論文章節架構，放入相關的統計數據，也在 2016年2月1日的研究計畫版本當中，完成了研究設計。之後在這個版本的基礎上，持續和陳明通老師討論，並搜集相關文獻資料，積極完成論文研究計畫的撰寫，並在同年5月18日申請研究計畫口試，2016年5月24日通過論文研究計畫口試。
２，余生2016年3月通過研究計畫書，7月通過論文口試；小智是2016年5月通過研究計畫書，2017年1月通過論文口試。
余生從修改題目而重提論文計畫書共花了三個月的時間，論文計畫書通到後在與最後的論文完成並且完成口試，大約花了三個多月時間。小智從2016年5月到2017年1月完成碩論及口試。兩人最主要的引用資料就是2014年新竹市長選舉期間的6份民調（小智的律師主張余生不能將這6份民調做為他的碩士論文著作權的的依據，因為這是小智與他的民調小組所擁有的著作權。想要用這個立場來推翻余正煌的自訴案。藉此來反擊一路來所有指責小智抄襲的控訴），這6份民調既然是論文的主要引用資料。依著小智與阿通師的說法是小智同意讓余生使用的，余生在他的碩論中也特別以「感謝」小和他的民調團隊提了這9份民調資料，換言之，余生是在民調著作權的擁有者「知情同意」下使用。也同樣註明了出處，那麼就應屬於「合理使用」。小智的律師指出余生「抄襲」這6份民調資料，如此說法顯然站不住腳。
進一步說，這6份民調資料經過余生的研究設計與統計分析，對於三腳督下的新竹市長選舉進行以林智堅為主的論述，顯然已經是余生自己的研究成果與創作。余生的論文主題是林智堅在這場選戰中的效應探討，這和小智的碩論在探討另一位主角：蔡仁堅效應，明顯的有不同。因為林智堅效應與蔡仁堅效應最大的差別是前者為成功當選，後者則為失敗落選。阿通師曾提醒小智去討林智堅效應中是否有當年「柯文哲效應」外溢現象，依著這6份民調的操作，小智和余生的碩論結構或許在前面可能會出現相似，但是論文主要論述、分析以至於結論應該是會有不同的寫法。
然而，小智的碩論，從余正煌律師所列舉出的33處相似處來看，小智能否自圓其說？再者，相關文獻出處與引註，為何余生能夠詳細說明並指出出處，小智能否也出一個所以然來呢？最重要的的小智與阿通師一再強調2016/2/1研究設計版本，供給余生為參考，所以余生是根據這個來發展出碩論，是余生抄了小智的「原創」。問題是：余生自己已有一份2016/1/28的版本，而且在2016年3月完成了計畫書，依著計畫書在2016年7月完成碩論。且這一路依著題目鎖定林智堅效應做為論文的研究主題。顯然和智堅師生所提供的2016/2/1版本「外溢」許多了！智堅師生卻還停留在這份 2/1版本的原創，而忽略了這6份民調資料經過統計分析之後所出來的論文結構與內容，余生已經發展出自己的論文與創作了。
因此，阿通師一再為小智發聲明甚至喊冤，是否曾想過余生在經歷第一次論文計畫書不理想而又迫於修業期限只剩短短一個學期，所以拚了全力在修改題目重啟爐灶寫另一篇新論文那種甘苦。或許通堅師生在修改題目與提供了民調資料上幫了余生很大的忙，不過論文的寫作與創作就是研究生的本分，余生盡了他的本分，也如期交卷並完成口考。這本碩論的著作權顯然不容他人抹煞！然而通堅師生在2016/2/1版本的基礎上，發展出自己的碩論，既然主題鎖定是蔡仁堅，那麼內容與分析結果應該會有所不同，問題是為何還是有大量和余生相同之處？小智和阿通師欠台大國發所師生、學界與社會最大的交代：就是這些相同之處會何會出現？
在對比兩本碩論之後，余生已被台大學倫會確認是原創者，小智的律師想要拿民調6份的著作權來推翻余生的論文著作權，若是此案可以成立的話，等於是未來全國的博士論文還有學界論文發表可能都將面臨無法在「知情同意」下「合理使用」民調等資料，那麼誰還能發展出博碩士論文與學術專業論文呢？
最後，余正煌和通堅師生究竟誰比較冤呢？我們確信司法必然會給出一個公道，然而阿通師在為小智喊冤之際，可曾想到同是國發所的學生余正煌還有其他研究生他們的努力，也同樣期待社會與學界還給他們一個公平公正的學術研究空間與環境，讓他們能潛靜下來深入學術領域而為國家與社會創造出更多更新的專業發展與趨勢呢？
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