雖然已有越來越多的專家認為，2019新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）由人工改造合成的可能性極低，但一種新的說法是，病毒有可能是由於實驗室事故從動物傳給了人。
自新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）疫情在武漢暴發以來，有關這種新型致命病毒的來源、它是如何從自然界的宿主傳染到人的身上，以及誰是所謂的「零號病人」一直是各界關注的焦點。截至2月20日，新型冠狀病毒肺炎已經造成7萬4千多人感染，2000多人死亡。
在疫情暴發初期，武漢衛健委的疫情通報似乎試圖把海內外輿論的注意力吸引到華南海鮮市場。這個位於武漢漢口火車站附近的海鮮批發市場不僅出售鮮活水產品，也有大量野味和野生動物交易。一些中國官媒的報導說，在這個市場上出售的野生動物有可能是病毒的源頭。武漢市在1月1日關閉了這個市場並進行了消毒清理。
但國際權威醫學期刊《柳葉刀》1月24日發表的由武漢金銀潭醫院副院長黃朝林等近30名中國醫務和科研人員撰寫的論文顯示，已知的最初41個住院病例當中只有27個有華南海鮮市場接觸史，而且最早於12月1日發病的病人沒有接觸史。
這篇論文的作者之一、武漢金銀潭醫院重症監護病房（ICU）主任吳文娟醫生對BBC表示，這名12月1日發病的患者是一位70多歲老年男子。老人患有腦梗和老年癡呆，長期臥病在家，沒有前往過華南海鮮市場。而他的家人在其發病後，均未出現發燒或呼吸系統症狀，他與後來的病人間也沒有發現流行病學聯繫。BBC的報導說，吳文娟在被問到老人是否有親屬與武漢病毒研究所或者華南海鮮市場有關時表示，「不能下結論」。
與此同時， 中國華南理工大學生物科學與工程學院教授肖波濤和肖磊（音）在科學論文分享網站Research Gate上發表的論文說，距離華南海鮮市場不到300公尺的武漢疾控中心的實驗室可能是病毒的源頭。
武漢一名受新型病毒感染病人星期六（1月18日）被送入金銀潭醫院。 這篇論文說，武漢疾控中心的實驗室有一批供試驗用的動物，其中包括155只在湖北捕獲的蝙蝠和450只在浙江捕獲的蝙蝠。蝙蝠曾攻擊一名研究人員，其間蝙蝠的血液接觸到這名研究人員的皮膚上。他因此自我隔離了14天。在另外一次事故中，蝙蝠的尿液接觸到他的身上，他因此又進行了自我隔離。
這篇論文寫道，「患者的基因組序列與蝙蝠冠狀病毒ZC45的同源性為96%或89%。這種冠狀病毒最初是在中菊頭蝠中發現的，而該種蝙蝠並不是武漢本地的，而是生活在約1000公里以外的地方。但這種蝙蝠正是本次疫情暴發前武漢疾控中心所使用的。
論文還說，武漢疾控中心還臨近武漢協和醫院。本次疫情的第一批被感染醫護人員就是在這家醫院。這有可能說明蝙蝠的組織樣本或受午飯的垃圾可能被洩露到周邊地區，導致第一批患者被感染。
分子生物學家、羅格斯大學（Rutgers University）瓦克斯曼微生物研究所（Waksman Institute of Microbiology）化學生物學教授理查德・埃布萊特（Richard Ebright）埃布萊特教授對美國之音表示，病毒通過實驗室事故從動物傳染給人的可能性是存在的。他說：「中國多個地區的實驗室都有收集和研究蝙蝠冠狀病毒，包括武漢市疾控中心和武漢病毒研究所。」
埃布萊特進一步解釋說：「在疫情爆發之前，除SARS-CoV和MERS-CoV之外的所有冠狀病毒都被歸類為生物安全等級2。因此，武漢疾控中心和武漢病毒研究所的蝙蝠冠狀病毒通常按照生物安全2級的標準處理，這只是對實驗室工作人員提供了最低限度的保護，而不是按照高致病和高傳染性的2019新型冠狀病毒的特點，以所需的高得多的生物安全等級對其進行安全培養、分離和動物感染工作。」
斯克里普研究所（Scripps Research Institute）的進化生物學家克里斯蒂安・安德森（Kristian Andersen）1月25日在一個病毒研究網站上刊登了他對27個現有2019新型冠狀病毒（SARS-CoV- 2）的基因組分析報告。研究顯示，它們有一個「共同的最近祖先」，也就是共同的來源，最早可以追溯到2019年10月1日。
中共總書記習近平2月14日主持召開中央全面深化改革委員會第十二次會議時提出，要把生物安全納入國家安全體系，盡快推動出台生物安全法。這引發了外界對新型冠狀病毒是否是來自於中國實驗室安全事故的種種揣測。
中國國家主席習近平戴著口罩視察北京安華里小區時一名防疫人員檢測他的體溫。（2020年2月10日） 習近平說，「要從保護人民健康、保障國家安全、維護國家長治久安的高度，把生物安全納入國家安全體系，系統規劃國家生物安全風險防控和治理體系建設，全面提高國家生物安全治理能力。要盡快出台生物安全法，加快構建國家生物安全法律法規體系、制度保障體系。」輿論認為，習近平提生物安全不會是空穴來風。
目前主流的觀點比較傾向於認為新型冠狀病毒是來自於蝙蝠。羅格斯大學教授埃布萊特對美國之音表示，SARS-CoV-2的基因組排序顯示，它是來自於一種蝙蝠冠狀病毒。
埃布萊特說：「存在於自然界的蝙蝠冠狀病毒在中國多個地方都有，包括湖北省。因此，首個人感染病例有可能是自然發生的。」
最早提出2019新型冠狀病毒可能來自於蝙蝠的研究機構之一恰恰是正處於爭議中心的中科院武漢病毒研究所。著名學術期刊《自然》雜誌2月3日刊登了該所和武漢金銀潭醫院以及湖北省疾控中心等機構的論文，指新型冠狀病毒的自然宿主是蝙蝠，病毒可以利用SARS冠狀病毒的受體ACE2 （血管緊張素轉換酶2）入侵人體細胞。論文的第一作者是武漢病毒所研究員石正麗。
財新網2月3日一篇關於病毒起源的報導說，石正麗的科研團隊1月23日在bioRxiv預印版平台上發表文章，題目是「一種新型冠狀病毒的發現及其可能的蝙蝠起源」。文章說，新型冠狀病毒與雲南菊頭蝠身上的RaTG13冠狀病毒一致性高達96%。石正麗團隊在疫情早期從5名患者身上獲得病毒的全長基因組序列，發現SARS-CoV-2與SARS冠狀病毒（SARS-CoV）的基因序列一致性達79.5%，與一種蝙蝠中的冠狀病毒一致性達96%。
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出現過多個新型冠狀病毒肺炎病例的武漢華南海鮮批發市場，目前已經暫停營業。 杜克大學全球衛生學院（Duke University Global Health Institute）傳染病學教授格雷格・格雷醫生（Gregory Gray, MD）對美國之音表示，蝙蝠是如何把病毒傳染給人的，這是值得研究的方向。
他說：「有可能是直接傳染，病毒可以通過多種途徑直接由蝙蝠傳給人，比如直接接觸、蝙蝠糞便、通過食物等。更普遍的傳染途徑是通過一種家畜。我們過去有很多這樣的人類傳染病暴發的案例，比如SARS（嚴重急性呼吸綜合症，「非典」）和MERS（中東呼吸綜合症）。」在SARS和MERS這兩種嚴重呼吸道傳染病的案例中，病毒的中間宿主分別被認為是果子狸和駱駝。
新華社2月11日曾報導說，嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室與華南農業大學合作的團隊通過分析1000多份宏基因組數據得出結論，穿山甲是新型冠狀病毒的潛在中間宿主。但參與研究的人員表示，研究的穿山甲是從「某些特定機構獲取的，不代表自然界中絕大多數的穿山甲攜帶冠狀病毒。」
在另一方面，學術界目前基本排除了新型冠狀病毒是來自於人工合成的說法。斯克里普研究所免疫學和微生物學副教授Mansun Law通過電子郵件給美國之音提供的一份非正式中文說明，標題是「SARS-CoV-2的近源研究」（The Proximal Origin of SARS-CoV -2）。這份說明是根據世界頂尖流行病學家哥倫比亞大學（Columbia University）的伊恩・利普金（W. Ian Liplin）、雪梨大學的愛德華・霍姆斯（Edward Holmes）和斯克利普研究所的克里斯蒂安・安德森等人對SARS-CoV-2基因組中兩個疑似人為乾預的特徵進行功能性和結構性的比較分析所得的結論。
處於爭議焦點的武漢病毒研究所2月19日給全所職工和研究生致信，稱近期一系列針對該所的謠言「引發了各界的持續關注，對堅守科研一線的我所科研人員造成極大的傷害，也嚴重干擾了我所承擔的戰『疫』應急科研攻關任任務。」
