中央流行疫情指揮中心對於地方政府或私人企業可否自行購買Covid-19疫苗一事,即使面對疫情吃緊且疫苗嚴重不足的困境,仍一直採取嚴格管控的態度。雖然5月28日公布了地方政府與企業的疫苗專案輸入流程,但5月29日又採取限縮的手段,強調疫苗政策應秉持「由中央政府與原廠簽約採購」與「由中央政府統籌分配執行」兩大基本原則,無疑是又給了正在申請疫苗輸入的宗教團體、企業增加了限制。如果過去我國沒有買到疫苗乃是涉及政治因素,則繼續堅持疫苗採購須由中央政府與原廠簽約採購這個原則,無異是緣木求魚。指揮中心新聞稿指出堅持此兩大原則乃涉及疫苗安全、法律責任與接種部署三個層面,但其中法律責任的論述,欠缺了合理性。