台灣醫療財團法人長期以來淪為財團小金庫,免稅身份屢屢遭外界質疑,然而,財政部對於《教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準》,對於免稅團體用於創設目的有關活動支出,占基金每年孳息比率,卻愈來愈寬鬆,從1995年的80%、2003年降至70%、2013又降至60%,對於何謂「創設目的」活動支出,範圍也不斷擴大,醫療財團法人濫用免稅團體身份,不僅財政部委外研究認為有必要檢討,大法官釋字第703號解釋,也認為公益與非公益團體之醫院間,存有直接競爭關係,相關免稅規定之操作,極易影響租稅公平與競爭中立,建議財政部應該予以檢討。