在遠洋漁業越來越難經營的情況下,積極進行台灣沿近海漁業資源保護也日趨重要,鑑於台灣沿岸漁業資源已經呈現枯竭,政府積極設置海洋保護區禁止捕魚。而這些保護區是否發揮增加魚類資源的功效,並未見官方提出具體的調查分析數據,來說服更多民眾(包括漁民)願意支持劃設海洋保護區,甚至加入管理、復育行列。事實上,國外許多政府部門劃設海洋保護區以失敗收場,問題不在大或小,在於當地社區是否積極參與保護區的經營,才是海洋保護能夠成功的關鍵。而台灣所管轄的海域設立超過35個近似海洋保護區或是所謂的海洋資源保育區,但多數未能發揮預期效果,目前台灣人吃的海鮮7成都是「舶來品」 。