近來,立法院正在審議相關組織改造法案,對於新設三級機關,將推動部份首長包括經濟部的產業發展署、能源署、中小及新創企業署,還有交通部觀光署等三級機關改為常務與政務雙軌制,亦即相關署長除常任文官外,未來亦可進行政治任命,故而引發各界爭議與反彈。在野黨無論是國民黨亦或民眾黨皆大力反對。事實上民進黨政府執政以來,以彈性用人,專業取才之名,致力擴大政治任命職務範圍,包括過去想要透過修正《中央行政機關組織基準法》,推動三級機關首長有一定比例得採雙軌制以及《聘約人員人事條例草案》,提出雙軌進用人等,然皆因爭議過大予以擱置,而今又再次討論雙軌制,此次問題爭點與過去差異不大,只是民進黨政府又過了幾年的實務對照,讓各界對於政府用人取才方式更加多了一份不信任感。