總統蔡英文的重要競選政見「台南沙崙綠能科學城」,在前瞻基礎建設綠能建設243億2000萬元特別預算中囊括3分之2,為了平衡台灣南北差距的「造鎮計畫」,目前卻面臨相關部會,擔心部分處室搬到台南後,將重蹈漁業署南遷覆轍,出現不願配合南遷的窘境,即便是未來廢核後,面臨縮編的原能會核能研究所,多數人員也不願意從桃園龍潭遷到台南,為了達成高層交辦的進駐人數,經濟部、科技部附屬的工研院、國家實驗研究院員工,因為不具公務人員身份,成了這次南遷的冤大頭,工研院綠能所將有高達7、800人,將被迫從新竹南遷到台南沙崙。