限於軍檢起訴範圍和內容將案情完全割裂為二，洪仲丘案一如原先洪家委任律師團所預料，並未出現大快人心的判決結果，重判542旅一干軍官罪嫌。不過，洪家人和律師團並未放棄尋求案情真相。今年1月間洪家人在律師建議下，已赴桃園地方法院遞狀，對前542旅人事參謀官石永源及衛生連醫官王劭中，提出追加自訴，因為洪家人和律師團視當時負責催辦洪仲丘送禁閉案公文的石永源，是證明洪案能否連結542旅旅長、副旅長等高階軍官涉案的關鍵，更是洪案能否逆轉大突破的最後一個希望。
高階將領究責關鍵︰郭毓龍、石永源
洪家委任律師團認為，269旅憲兵官郭毓龍和542旅人事參謀官石永源應該是整個洪案能否承上啟下，究責高階將領重罪的關鍵，但郭毓龍已被軍檢起訴鞏固證詞後，較難突破心防，律師團透露，石永源則原本是洪案證人，其實早在軍檢尚未將洪案移交桃院的過渡時期，洪家委任律師團曾建議軍事檢察官追加起訴負責催辦禁閉令公文的石永源，原本軍檢也已接受律師團建議，有意追加起訴，不料，卻讓軍方高層硬是壓了下來，也讓石永源成了洪案的漏網之魚，顯然是軍方有意維護的對象。
但律師團發現，石永源無論是以證人或是自訴案被告身分出庭應訊時，總是神情均極為緊張、害怕，再加上軍方的極力保護，因此被律師團視為洪案的關鍵破口。
根據陸軍司令部行政調查報告內容顯示，2013年7月8日首度約談石永源時，石永源宣稱，原本是由憲兵官蔡忠銘承辦的人事業務，突然在6月27日當天，因蔡調外島，而臨時由他暫代憲兵官業務，所以洪仲丘禁閉令公文前段公文不是他跑的，他只負責後半段簽長官和發文269旅通知送禁閉的部分，他當時宣稱沒有接到參謀主任張治偉的交辦訊息，但因石負責後半段公文流程，他也因此最清楚旅中高階軍官們是否知情及故意要辦洪的關鍵了。
洪家律師團更指出，另從軍方相關卷證顯示，二六九旅憲兵官郭毓龍在洪案爆發後7月15日當天從上午10時到晚間10時許，長達12小時，遭軍檢三度約談。軍檢以證人身分傳喚郭毓龍，原本郭在上午10時的約談中，講述內容輕描淡寫，不過在幾經思考休息後，於下午3時及5時軍檢二度傳喚時，郭毓龍當下二度表明他願意擔任污點證人。
郭毓龍表示，6月27日先是副旅長黃天任向他詢問禁閉室是否有床位，他回答有後，黃向郭指示，這個人（指洪仲丘）要退伍了，要趕快辦，還叮嚀郭收了人後要回報讓他知道。之後下午3、4時許，范佐憲就打電話給郭毓表示，明天（指6月28日）可否把542旅的人先關進去，郭答以，「要符合規定和程序才能把人關進去」，范說，明天才會人跟文一起來，「這位弟兄快退伍了，所以我們長官希望可以關他」，郭再回以還是要按照規定和步驟辦理。
郭向軍檢表示，他掛了范佐憲電話後，認為542旅如此辦事，不尊重人，隨即打電話給542旅的對口承辦人員、憲兵官蔡忠銘，向蔡抱怨說，「你們這樣根本是在強姦我，542旅怎麼這樣辦事情的！」
郭毓龍進一步表示，6月28日上午10時許，范佐憲和一吳姓上士等三人將洪仲丘送來，當時他逐一審文發現，洪仲丘是因為帶智慧型手機違反資通安全規定，下士依規定不應關禁閉，只能記過或申誡且少了投票單等七種附件，郭毓龍馬上打電話給542旅簽辦公文的石永源，告訴他，「東西短缺及士官懲處不符規定」，此時，石永源答以，「這個人快退伍了，我們長官要關他」，郭再向石表明，「學長，請你必須補足程序」，石表示，現在來不及，要到7月1、2日才能補足，郭再重申要補足程序，這時石永源竟然耍無賴地丟下一句，「我在忙」，就把電話掛了。
