九合一選舉後交出黨主席權柄，馬英九總統潛沉至今，不僅已無黨務活動可以參加，公開政務行程也大量減少。由於黨政決策機制已由馬時代的總統府黨政高層會議，轉移至國民黨中常會，馬團隊也提前進入看守階段。
國民黨黨政高層決策機制重心，在新北市長朱立倫接掌黨魁後立即調整。朱立倫上任的當天便出席總統府黨政高層會議，親自參與立法與行政2院重大政策討論，此一高層會議不再像過去一樣，由集黨、政決策權於一身的馬英九一槌定音，成為馬英九時代終結的最鮮明證據
而在朱立倫宣佈執政黨決策機制轉移至中常會之後，不再出席黨務活動的馬英九只能在府內主持例行會議，對輿情的關注更甚以往，希望從中思考提振聲望的方法。
府內官員說，總統府的低氣壓，從例行人事作業進度遲緩可見一斑；例如去年底前就應該重新遴聘的總統府資政與國策顧問，遲至近1月底仍未公佈新名單。府方解釋，因為此次資政及國策顧問任期至明年5月20日，亦即馬英九任內最後一次遴聘作業，因此較為謹慎費時。然而府內官員透露，雖然過去也曾有因為作業流程而遲至1月中公佈的情況，但拖到這麼晚還沒有完成遴聘，的確頗為罕見。
而過去一向在兩岸、外交政策上扮演重要幕僚的國安會，更自去年陷入沉寂。在去年完成國安、調查人事佈局後，出缺的國安會諮詢委員就一直無法補齊，功能持續弱化。幕僚透露，國安會「該開的例行會議都還在開，既定的研究都還在進行」，但並未打算開展什麼新規劃，人事安排自然也就慢慢來。
據透露，基於兩岸及外交為總統職權，馬英九也將剩下任期的重心放在這兩大領域，因此在今年上半年，兩岸關係仍會有不少動作，但能否獲致正面成果，卻須視國內政治氛圍。知情人士透露，對於《兩岸協議監督條例》卡住《兩岸服貿協議》和貨貿後續談判，馬英九感到十分在意，也成為他在任期最後一年最想跨越的難關。