因為生技園區工程進度落後，馬英九總統日前公開指責中研院，引起曾任中研院副院長的民進黨副總統候選人陳建仁不滿，認為馬英九不尊重學術自由。總統府25日上午再度回擊，嚴詞抨擊陳建仁「狡辯」、「政治操作公共工程議題」。
馬英九16日視察中研院國家生技園區工程，因進度落後公開批評中研院未向他報告工程問題。馬英九更當面指責中研院長翁啟惠未盡督導之責，「強調一個研究機關，也應該重視行政管理」。
總統因工程落後公開痛責中研院長，引發部分學界人士及在野陣營不滿。陳建仁24日在輔選場合表示，馬英九不尊重學術和學者，「連集權的蔣中正總統，也不會對胡適這麼做。」
對於民進黨副總統候選人正面迎戰，總統府25日再次重砲回擊。總統府發言人陳以信指陳建仁「狡辯」，尖銳反問陳建仁，工程落後與學術自由有什麼關係？難道為了學術自由，就可以容許公共工程進度嚴重落後嗎？難道以後學術機構蓋房子，都可以用相同邏輯為工程落後狡辯嗎？「這是什麼邏輯？」 （相關報導： 馬英九批中研院，陳建仁：集權的蔣中正都不會這麼做 ｜ 更多文章 ）
陳以信更質疑陳建仁「故意政治操作」這項公共工程議題，指陳建仁是生技專家，更曾是中研院副院長，難道不希望國家生技園區能夠早日如期如質完工？為了讓這場戰火持續延燒，陳以信更向陳建仁叫陣，指陳建仁是民進黨副總統候選人，必須公開答覆以上問題，不容迴避。
