台灣立法院會周二（12月31日）經過近5小時的表決，三讀通過《反滲透法》，旨在"防範境外敵對勢力滲透干預，確保國家安全及社會安定，維護中華民國主權及自由民主憲政秩序"。
根據三讀條文，所謂境外敵對勢力，指與台灣交戰或武力對峙之國家、政治實體或團體，以及主張采取非和平手段危害台灣主權之國家或團體。至於滲透來源，指境外敵對勢力之政府、政黨、組織、機構、團體等，所設立或實質控制的組織、機構、團體或其派遣之人。
根據中央社報導，在民進黨團最初提出的草案中，"滲透來源"原本包括受境外敵對勢力政府或政黨所"監督管理"的各類組織、團體，但因許多在中國的台商被迫成立共產黨支部，因此三讀通過條文中，刪除"監督管理"4字，縮小適用範圍。
三讀條文明定，任何人不得接受滲透來源指示、委托或資助，捐贈政治獻金或捐贈經費供公民投票相關活動；也不得違法從事總統副總統選舉罷免法、公職人員選舉罷免法中的各項競選活動，違者處5年以下有期徒刑，得併科新台幣1000萬元以下罰金。
國民黨團為表達抗議，在周二上午《反滲透法》二讀廣泛討論发言完畢後，由國民黨團總召曾銘宗帶領十多位立委坐在发言台前，高舉"抗議惡法、選票制裁"的布條，隨後逐條討論時，都不再发言，也不參與表決；三讀前則大喊"綠色恐怖、戒嚴復辟"等口號，隨即離開議場。
台灣基進：2020年= "抗中元年"
據台灣媒體新頭殼報導，台灣基進繼30日和多個小黨與民團聲援《反滲透法》後，31日再度发表聲明，重申支持《反滲透法》的立法精神。
台灣基進黨主席陳奕齊對《反滲透法》表示祝福，並對執政黨願在大選前，討論具高度爭議性的法案感到欣慰。他說，防止中國滲透的相關立法是為了台灣大局，希望國民黨不要在關鍵時刻傷害台灣利益。
陳奕齊指出，在2019年最後一天通過《反滲透法》，象征2020年是台灣"抗中元年"。全世界將會期待2020年的台灣加入民主世界的"全球防中連線"，而2020年的台灣國會必須有堅定抗中的隊伍，不斷創設"民主防中"法律工具。
中國國台辦：台灣大搞"綠色恐怖
台灣的《反滲透法》一直受到中國方面的關注。台灣立法院會三讀通過該法後，中國國務院台辦发言人朱鳳蓮批評稱，民進黨當局為了謀取政治和選舉私利，大搞"綠色恐怖"，破壞兩岸交流交往，制造兩岸敵意對抗，傷害兩岸人民感情，嚴重損害台灣民眾福祉利益。
中國官媒《環球時報》當天刊登中國社會科學院台灣研究所副研究員汪曙申的分析分賬。作者認為，蔡英文和民進黨急迫完成"反滲透法"立法主要有三點目的：沖高民進黨"大選"選情、對沖兩岸融合发展和配合美國對華政策。文章最後指出，民進黨若將"反滲透法"作為黨爭政爭的工具，必會引发兩岸社會更大反彈，終將自食其果。
馬英九：民進黨=專制退步黨
台灣前總統馬英九在立法院表決當天表示，《反滲透法》內容訂得很不清楚，到目前為止都沒有主管機關，將來執行，一定會造成許多冤案丶假案，會成為打擊政治異己的工具，台灣可能回到戒嚴時期。
馬英九在接受台灣媒體訪問時還稱，這個法案訂出來，民主進步黨再也不要用民主進步這幾個字了，應該叫做"專制退步黨"。馬英九質疑道： "如果他們（民進黨）認為有這個需要，他們執政已快四年了， 為什麼不早提？為何不盡早讓大家了解這個法令要干什麼？匆匆忙忙的，就在選舉前夕通過！他們的用心真的是非常險惡，我們有極大的遺憾，非常希望大家都來譴責、反對此法。"
據悉，立法院將在接下來的幾天內整理完法條並完成公文程序後就會送交總統府，《反滲透法》經台灣總統蔡英文公布總統令後就會正式實施。 （相關報導： 伊拉克千名群眾攻進美國大使館，美軍發射催淚彈、鳴槍警告！美駐伊拉克大使已撤離 ｜ 更多文章 ）
民進黨立法院黨團於11月27日提出《反滲透法》草案，並在11月29日的立法院會逕付二讀。立法院長蘇嘉全上周起兩度召集朝野協商，經過逐條討論後，朝野只對法案名稱、立法意旨及施行日期達成共識，其余條文皆保留送院會表決。