吳三桂的叛變，是滿清政府撤藩之議逼出來的，因為撤藩政策一經實行，不但他那滇南王安富尊榮的基礎完全打翻，而異族統治者「飛鳥盡，走狗烹」的命運，尤其可怕，所以，他的叛謀是倉卒而起應付撤藩手段的最後一逞，並非積數十年深謀遠慮的結果。然而，在那時候，陳圓圓已經是五十老嫗，如何能夠想像她還有歌衫舞扇、檀板金樽的魅惑力量？
吳三桂封了藩王，志得意滿，就將明代西平侯沐國公的西平別墅沒收下來，改築野園，窮極侈麗，度著金迷紙醉、醇酒婦人的享樂生涯。
據說，三桂從賊寇中尋回圓圓以後，是帶著她同征西蜀的，但是她到昆明王府時，則已年逾三十了。其時，三桂正妻已死，本來據說是想將圓圓扶正妃位的，然而，圓圓秀外慧中，她有一般女人不易自知的「色衰愛弛」之明，堅辭不受。
縱如圓圓是個絕代佳人，也奈何不得無情的歲月，以色侍人的她，不能沒有遲暮之感。吳三桂續娶張氏，又非常悍妒，而三桂則仍然廣置姬妾，佳麗如雲，有四面觀音、八面觀音、十二面觀音、二十四面觀音等稱謂，以圓圓的聰明，以圓圓在男女關係上所經歷的非比尋常的艱苦，她何必再在少女堆中去爭妍鬥寵；她既辭妃位，沒有再在王府惹人忌妒的必要；加以三桂的為人，我們尤不能想像他能專愛於一個過了中年的婦人，「數十年如一日」。所以，陳圓圓在平西王別邸─野園住了並沒幾年，便無視於滿目繁華，從萬般憂患參透人生，歸於淡泊的她，求為女冠出家去了。
距三藩之變發生前一、二年，久已做了道士的陳圓圓大約早有另一暴風雨丕然將至的預感了，她是個艱危的大浪中翻撲過來的人，時則年已半百，尚又何求？她抱著入山唯恐不深的心情，所以又毅然離開了比較接近世務的道觀，改從玉林禪師在宏覺寺裡剃了頭髮作了女尼。法名寂靜，號玉庵。
陸次雲說她「同夢之謀」時，還在滿清統治之下，這罪名簡直就如誣她共同謀反，對於像陳圓圓這麼一個荏弱而淡泊的女子，實在未免不仁。但後來也有人以為吳三桂的叛清出於她的慫恿，認為圓圓是個頗有民族氣節的女人，特別在對日抗戰期間，曾有好多論客作著如此的禮贊，如一九三九年姚安張根培在傳說中圓圓自殉的蓮花池畔，豎碑留念，碑文裡就有「圓圓身為女子，恥為漢奸妻，是有民族意識者」之類的話，其實這也是無端的揄揚，大可不必。
圓圓出了王府大門以後，雖非絕情而去，但與三桂往來蹤跡之逐漸疏闊，當是事所必然，不難想像的。後來她索性披剃為尼，目的為了全身免禍，自然更加有意的潛蹤韜晦起來，唯其如此，到吳三桂失敗時，縱然陳姬聲名猶豔人口，但以滿清爪牙之銳利，她卻還能保持清磐紅魚的生活，不再遭受這場災禍的牽惹。如鈕玉樵《觚剩》有一則，最接近事實：
居久之，延陵潛蓄異謀，邢（圓圓本姓邢，字畹芬）窺其微，以齒暮請為女道士。癸丑歲，延陵造逆，丁巳病段，戊午，滇南平，借其家，舞衫歌扇，穉蕙嬌鶯，聯艫接軫，俱入禁掖，邢之名氏，獨不見於籍。 （相關報導： 吳三桂手握精兵、佔近半個天下，為何最後反清失敗？3大關鍵沒把握住，慘遭康熙逆轉勝 ｜ 更多文章 ）
據《三聖庵畫像記》，圓圓死於三聖庵，為康熙三十四年乙亥（一六九五年）七月，享年七十三歲，距三桂之死已十七年。但是另有一個傳說，則她是自投於昆明北郊的蓮花池裡殉難的，兩者孰是，雖還沒有定論，不過清廷抄吳三桂家，籍沒的婦女名單中沒有陳圓圓在，而她是以女尼之身畢命的，似乎已無疑問，蓋美國女作家溫德賽尋求娘娘墳，認為在昆明南郊五里許歸化寺旁的最為確實，墓碑中題「開建三聖堂太戒比丘尼上寂下靜玉庵公老禪師墓」。左右更有聯云：「塵劫中不昧本來朗月生性海；迷陣裡能開覺路青蓮淨孽根。」雖是佛家常語，但用來總結圓圓的生平，真令人有非常恰當之感。
