國安局在私菸案中被指因權責問題，平時無法督考總統府侍衛室、總統警衛室等單位，因此吃了不少悶虧，新局長邱國正上任後力圖改變此一情形，以「內規」方式由副局長層級官員直接介入督考，邱本人日前也以慰問名義前往警衛室，了解勤務運作情況。
不過據指出，由於立法院新會期已開議，送到立院的中央機關連絡名冊，國安局部分被指連絡人僅列頭銜而不具其名，這種和過往不同的方式，不僅顯得突兀，更有委員戲稱「難道是私菸案後見不得人？」
對此質疑，國安局今(20)天晚上發布新聞稿澄清，強調依「國家情報工作法」規定，國安局為情報機關，並對所屬工作人員身分負保密義務；日後將由聯絡人與各辦公室通聯後，個別告知聯絡人員全名，「若造成不便，尚請諒察。」 （相關報導： 與吉里巴斯斷交 張善政批蔡英文：若只爭取「國內一時爽」，換100個外交部長都沒用 ｜ 更多文章 ）
實際上這種方式，屬於國安局負責報告詢答的立法院外交國防委員會中就曾由召委裁示，會議開始前介紹列席官員的階段，僅介紹到副局長層級，再多就到特勤中心副指揮官為外人知而已，國安局內負責包括國內、外情報安全的各處處長，雖然列席委員會，但已有相當時日不作介紹，即是基於保密原由所致。
