公投在即，部分環團持續呼籲民眾對三接遷離藻礁案投下同意票，國立臺灣海洋大學海洋生物研究所榮譽講座教授邵廣昭則表達不同看法，強調興建三接和破壞藻礁的因果關係有待商榷，更指出「經濟活動、社會需求、環境生態」三個永續發展面向相互密切關聯，要思考在經濟發展的同時兼顧生態，而不是只能接受完全不影響到生態的作法。
邵廣昭表示任何開發工程，對環境都一定會有影響，是權衡利弊得失的問題。三接外推對藻礁生態影響程度非常輕微，兩年來除了一次施工船隻脫錨擱淺意外造成局部傷害之外，並沒有看到明顯的影響，事實上，藻礁遭破壞的主因一直都是水質汙染和漂沙覆蓋，所以做好相關監管工作才是保育重點；何況少數環保人士推論藻礁生態價值及三接影響的說法，未必符合科學標準，例如三接跨區的立樁並不影響水流通透，和一般港口防波堤不同，但環團很多假設並沒有國際研究文獻證明，實在令人遺憾。
對於環團提出公投過關後，將要求政府將大潭藻礁劃設為南桃園藻礁生態系野生動物保護區，邵廣昭也認為劃錯重點，藻礁保育的關鍵在於環境管理，「劃成保護區如果沒做到有效管理又有何用？最好的管理是不准大家進去，但鄰近居民同意嗎？」，像浮沙是動態平衡的自然現象，即使設立保護區也無助益，而近年來桃園縣政府從河川上游排水著手，積極解決汙染問題，取締裁罰績效良好，對保育藻礁幫助就不小。此外，目前國際上備受重視而持續盤點的「另類保護區（OECM）」概念，譬如軍港、電廠進水口、工業港、離岸風場等禁止人員進入活動的海域，雖然原本並非為了保育生態而進行嚴格管理，但為了安全營運的管制反而發揮保護海洋生物的成效，相關工程在完工營運後都出現長期正面效應。 （相關報導： 呼籲對藻礁公投投下不同意！陳其邁：為南部鄉親著想、「終結南電北送」 ｜ 更多文章 ）
邵廣昭認為生態保育雖然是永續發展的一環，但是不顧生產及生活需求，無限上綱環保價值，那永續發展也只是空談，空汙的問題要解決，經濟發展更需要充分電力支持，反對三接的一方也應該提出方案，不能什麼都不要，否則即使是不同政黨上台，還是要面對一樣的問題。