二○○八年初開始，可說是杜正勝在教育部長任內的低潮時期。尤其是民進黨發動「三一六百萬人擊掌逆轉勝」的造勢活動場合，當時的教育部主任秘書莊國榮，以毫不修飾的言詞攻擊國民黨總統參選人馬英九的父親馬鶴凌，經過媒體大肆報導，衝擊到民進黨的中間選民。
教育部長做了將近四年，經歷過多少大風大浪，承受過多少壓力，但杜正勝從未因任何事向任何人道歉過，唯獨莊國榮失言事件，他公開道歉。
三月十七日早上七、八點，杜正勝已得知莊國榮的事，但沒想到，一進教育部，大廳已有十幾臺攝影機在那候著。部長室在二樓，若進部長室辦公，必定要經過大廳，於是他走進大廳，面對媒體說道：「莊主秘到臺中助選，是假日私人行程，不是教育部的任務；但因他是教育部的主秘，而且是在我的部長任上聘用的，因此我願為莊主秘的失言，向馬主席及馬主席的家人致歉！」
杜正勝教長四年，最感困擾的，就是媒體。他是媒體的最愛，只要採訪到他，讓他講話，就有機會佔到頭條。但這些新聞，許多是像「罄竹難書」、「三隻小豬」、「莊國榮爆粗口」這一類的新聞；媒體真讓他吃足了苦頭！
二○○八年總統大選前，他曾為了躲避媒體的圍堵，在教育部長室裡過了一夜。在這段情緒低潮期，他曾向張揆請辭部長，但院長安慰他：「還剩下幾個月，有始有終，把它做完吧！」謝長廷擔任院長的時候，杜正勝也有過去留的思考，但那個時候的心情是平靜的，他的考量很單純，只有一個重點：「如果留下來，能不能繼續推動臺灣主體教育？」但二○○八年大選前的低潮期，面對的卻是國民黨不斷以「上杜下謝再連莊」這樣的人格傷害來進行嘲諷。面對這種處境，才是真正的痛苦難忍。
在如此的低潮期，如此不堪的新聞處境中，杜正勝有沒有後悔過，二○○四年五月接下這個部長職務，跳下這個大火坑？ 「決定的事，就不會後悔！」杜正勝斬釘截鐵地說。「二○○四年是重大的分叉點，究竟是要回到學術界，還是接任教育部長？當初接故宮院長，是因為故宮介於政治和學術之間，擔任故宮院長時期，還是可以做些研究，寫些文章；但是教育部長不同，接了部長，就不可能有時間寫文章了。」杜正勝說，這是非常重大的抉擇。
經過認真思考，他深切覺得，教育部長能做的事，比學者所涉及的更廣更深，可以決定教育的方向，也可以主導龐大教育資源的分配。當游揆徵詢他的時候，他所思考的重點，不是「要不要做這個官」，而是「教育這個重擔，我挑得起來嗎？」不到一天的思考時間，他做出了重大抉擇，接掌教育部，接著開始徵詢各方意見並構思具體的施政方向。 （相關報導： 邱坤良專欄：五年千億的後頂大高教大挑戰 ｜ 更多文章 ）
上任後，他提出了四大施政主軸：現代國民、臺灣主體、全球視野、社會關懷。現代國民、全球視野和社會關懷這三大主軸，大家不會反對；但是臺灣的環境特殊，臺灣主體演變成國家認同的爭議，使杜正勝成了爭議極大的部長。杜正勝不斷在各種場合強調，臺灣主體性的「同心圓理論」，和統獨無關！民主政治應以人為本位，同心圓理論認為，以人為本位的教育，應該對自己的鄉土和環境，先有深刻的認識和感情，然後再一圈一圈擴大，培養成為具有國際視野的現代公民。把臺灣主體、同心圓理論和統獨扯在一起，是極大的曲解。
